可是如此龐大的組織，也出現了錦衛中飽私囊收賄賂。甚至於，為了政績製造冤假錯案的現象。
就比如，寧國府知府凌卓。他就被下派到地方的錦衛千戶段思冤枉，說他收賄賂。
為此，凌卓被下獄，遭了嚴刑拷打。其家眷，也一併被抓。
段思喪心病狂，將凌卓兒在獄中侮辱，其兒不堪辱撞牆自盡。而凌卓被段思砍斷了手腳，挖去雙眼扔在獄中生不如死。
最後，段思又吩咐手下，為了掩蓋其罪行。偽造凌卓認罪證據，然後將其全家秘死。
凌卓在獄中被活活折磨而死，至死都沒能得到沉冤昭雪的那一天。
一開始，崇禎皇帝到寧國府奏章的時候也是雷霆震怒，命段思嚴查。段思將凌卓的案子上報，後來崇禎皇帝發覺不對勁。
首先，凌卓貪汙白銀十七萬兩。而這批銀子最終都沒有查出下落，用段思的說法是此人捨命不捨財。至死不肯招供這批銀子的下落，乃至在獄中刑而死。
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