碇真嗣各種鬧彆扭、鬧緒，都無法讓事朝著自己希的方向發展，最後更是直接補完，只留下他一臉懵。打敗使徒不是拯救人類麼？怎麼拯救了人類之後，就是對神經元的大清洗，怎麼就是邪惡的補完儀式？他是一臉懵，本不知道為什麼會這樣。
過一次次壁，最後碇真嗣終於認識到了自己和客觀世界撞的話，自己改變不了客觀世界，還是妥協好了。
碇源堂卻依靠謀詭計控制了神經元，而且一步步地奪取了人類補完計劃的主導權。其實對於碇源堂到底是如何為神經元司令的，並沒有太多的介紹，很有可能是碇唯家族的勢力幫忙，或者是碇唯自己建立的勢力在幫忙。
劇裡只是介紹了碇源堂在大學時候和碇唯談，然後加seele，之後就是為了司令。為司令之後他又是過男計控制了赤木母，之後又過多面間諜加持良治得到了鑰匙。然後過對綾波麗的培養，試圖建立補完的通道。最後就是利用兒子駕駛初號機，希初號機能發揮全部實力消滅所有的使徒。這就是他的佈局。
當然過程中司令還有破局，主要就是針對seele的監視，以及破壞seele主導融合的關鍵，也就是渚薰。渚薰也是使徒，但被seele控制之後以人類胚胎的形式誕生出來，就為了seele融合的通道。所以碇源堂必須要把渚薰激化為使徒，然後合合理地幹掉。
渚薰每次也很配合，把機會讓給了碇真嗣，說不是真都不行。
碇源堂的佈局和破局是就沒有不順利的，只有到最後才出現問題，第一赤木律子的反派，這點問題不大。第二綾波麗二號的反叛，這點問題很大。第三就是碇唯的選擇，選擇幫助兒子。
在新劇場版裡還要加上冬月和真希波所代表的碇唯勢力的反叛，要不是冬月和真希波把希之槍送給了碇真嗣，他最後還沒法重啟一個沒有使徒的世界。
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