5月2日一天下來，聯軍在澎湖島上抓捕了二千八百餘名俘虜，另外在戰鬥過程中打死打傷了四百多人。負責清理附近島嶼的福建水師也小有斬獲，抓捕了三百多名俘虜。聯軍在此過程中只出現了量的傷亡，其中陣亡的幾人都是隸屬於明軍，海漢民團這邊倒是很幸運地只有幾名傷員。
而經過一整天的清點之後，聯軍在前一天攻打澎湖島的作戰中所取得的戰果也初步統計出來了。聯軍艦隊在昨天的兩場海戰中擊沉擊傷敵軍船隻六十餘艘，俘虜了八十多艘。而由於相當一部分死於海戰的十八芝人員已經隨船一起沉海中，的傷亡數字已經難以進行統計，但從擊沉擊傷的船隻狀況所做的略估計，十八芝在昨天的兩場海戰中至丟掉了上千條命。當然了，以這些人的犧牲來換取十八芝主力的逃，其實對十八芝而言還是划算的。要不是被這兩支船隊給拖住了行進速度，被堵在澎湖島的恐怕就不是三四千人，而是要上萬了。
儘管最終截殺的效果不是特別盡如人意，沒有能完全達到戰前計劃的打擊效果，但如果從戰損比來看，聯軍這邊的確已經佔了大便宜，並且也著實對十八芝的實力造了一定的打擊。是第一天的兩場海戰，就已經讓十八芝丟掉了五以上的武裝戰船。至在短時間之，十八芝恐怕是很難恢復到他們鼎盛時期的武力水平了。
5月3日，陸軍繼續在島上執行清理搜捕的任務，而前一天派去追擊十八芝的兩支艦隊也在這一天返航歸來。他們在前一天的下午追上了十八芝最後一批離開澎湖島的船隊，並在海上發了小規模的戰鬥。
當然了，有兩艘“威嚴級”戰艦坐鎮的海漢艦隊在這種鋒中毫都不會吃虧，在短暫的手中又留下了對方十多條船，其中超過一半因為損毀嚴重，沒有能被帶回澎湖。石迪文在歸途中就對俘虜進行了突擊審訊，進一步確定了十八芝的目的地是琉球群島中的宮古島。
雖然這種戰績在此次的作戰中算不上突出，但也足以讓陸軍眼紅了。三個營的陸軍在澎湖島上把地皮都翻了個底朝天，僅僅只是抓捕了三千失去抵抗力的海盜殘餘，其中大部分都是老弱病殘，連當苦力的價值都不是很大。而所搜刮到的財極為有限，楚傑和錢天敦對此本就看不上眼。
“不該給十八芝留出那麼多時間啊！”錢天敦嘆道。他已經放棄了在第一線的督戰，回到了馬公港臨時指揮部，因為目前的形勢本就不需要他去一線盯著，高橋南就足以理島上的狀況了。
這澎湖島上沒有可容太多人藏的地方，而且倉促逃散的海盜殘餘本就沒有口糧，就算聯軍不對島上進行大搜捕，多拖一段時間這些人也不得不自行出來投降。事實上從5月3日下午開始，一些僥倖避過頭兩天搜捕的海盜也紛紛自行從藏之出來了，他們也已經意識到這次攻打澎湖的敵軍大概不會再撤走，繼續藏下去要嘛被對方逮出來，要嘛就死在荒野中。
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