經反覆勘查，炸中心被確定在前車廂左側單座第六位右前方、距右前椅腳20釐米的通道地板。
該鋼板被炸出長達70釐米的裂口，變速掉落，散發著濃烈炸藥氣味。車外胎區域碎，轂凹陷。在炸點右下方45度、30釐米的變速和萬向節中，嵌有碎片。
地面約3平方米範圍共有105炸痕。該區域堆積，傷勢最重，座椅、車窗、車頂蓋嚴重損毀，纖維呈放狀噴濺殘留。
在國家海洋局第三海洋研究所、廈門大學化學系、海洋系及駐軍、公公司等單位協助下，辦案人員提取了大量現場檢材，運用氣相譜等技分析，結合炸閃和氣味，判定炸為硝銨類炸藥。
9月1日，公安部126研究所與北京市公安局專家過不同藥量試比對，證實9千克硝銨炸藥造的破壞效果與“6·24”案最為接近。
警方清理現場時尤為細緻，對40逐一拍照、錄影、初驗、編號、定位，並由法醫詳細檢驗。
現場收集到的24麻袋、520多件，經30餘人分割槽篩選、分類整理，並請遇難者家屬和傷員辨認證件、月票等品。
五天，39份得到確認並認領，唯剩一無名和若干鋼捲尺碎片、四件碎片無人認領。
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