追究底，導致現今出現士兵不認識將領、將領不瞭解士兵這般尷尬形的罪魁禍首，便是那源自宋代創立的“兵將分離”制度。
正由於此等弊端的存在，才致使大明軍隊的實際作戰能力相較於開國之初，已然是大打折扣。
有鑑於上述種種不利因素及潛在風險，朱元璋經過深思慮後決定採取一系列果斷措施，予以應對。
他不僅在大明王朝的核心區域心挑選了包括河州、大同、建寧、鄖以及建昌在的五有重大戰略意義的要害之地作為據點；同時，還在此分別設立了陝西、山西、福建、湖廣與四川這五大行都指揮使司。
此外，再加上北平行都司與烏思藏行都司，七個行都指揮使司就如同後世的七大軍區一般重要且關鍵。
值得一提的是，只有烏思藏行都司的都指揮使一職是通過當地土司班竹兒家族代代相傳而繼承下來的。
除此之外，其他，行都司的所有都指揮使職位均由來自五軍都督府的同知以及僉事們來擔當重任。
在這六軍區當中，又數陝西和山西行都司最為重要和突出，因為它們各自統轄著整整二十六個衛所。
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