小悠和他的夥伴們在關閉“次元之門”後，雖然功地阻止了黑暗勢力的謀，但他們知道，這僅僅是暫時的平靜。黑暗勢力不會就此罷休，他們必須找出這勢力的真正源頭，徹底揭其背後的黑暗組織。
為了深調查，小悠、林羽、夜風、櫻雪和雷諾組了一支英小隊。他們決定從上次捕獲的黑暗勢力員手，對他們進行審訊，希能從中找到線索。
在審訊過程中，他們發現這些員對自己的份和目的知之甚，他們只是被上級派遣來執行任務。但小隊並沒有放棄，他們繼續深挖，最終找到了一個被稱為“暗影之主”的神秘人。據俘虜代，暗影之主是黑暗組織的核心人，他掌握著組織的大部分力量和秘。
小隊意識到，要想徹底揭黑暗組織的謀，就必須找到並擊敗暗影之主。他們開始蒐集關於暗影之主的報，但發現他的行蹤異常神秘，彷彿在漫融合世界的每一個角落都有他的影子。
在一次偶然的機會中，小悠在一家破舊的漫畫店發現了一本古老的漫畫。漫畫的封面已經破爛不堪，但小悠還是被其吸引。他開啟漫畫，發現其中記載了一個古老的傳說，傳說中有一個名為“暗影之主”的邪惡勢力，他企圖統治整個漫融合世界。
漫畫中的描述讓小悠意識到，暗影之主並非只是一個普通的人，他可能是漫融合世界中的一個古老而強大的存在。小悠立刻將這個發現告訴了夥伴們，他們決定按照漫畫中的線索，尋找暗影之主的藏之。
經過一番艱苦的探索，小隊終於找到了一個藏在深山中的神秘。中瀰漫著黑暗的氣息，令人不寒而慄。小隊小心翼翼地進，發現了一個巨大的祭壇，祭壇上坐著一個影模糊的神秘人，正是暗影之主。
暗影之主眼神空，彷彿來自另一個世界。他看著小悠等人，發出了一聲低沉的笑聲：“你們終於來了，我是暗影之主，漫融合世界的統治者。你們以為你們能阻止我嗎？”
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