卻李靖之前在偽裝囚犯，趕往江都，向楊廣奏報，李淵實有反意的時候，剛從馬邑到達長安，還未轉道東行，不料李淵就兵進了關中，佔據了長安，李靖於是被李淵俘虜。
李靖時尚為隋之馬邑丞。李淵被楊廣任為太原留守前，在馬邑和突厥作戰，李靖曾他節制，當時李靖已察知李淵有四方之志，對他頗是戒備，故而兩人不好。這一被李淵抓住，從李靖在長安的朋友聽知了李靖本是打算去向楊廣奏報的，新仇舊怨，李淵就想殺了他。
將被臨刑被斬之際，李靖大呼：“公起義兵，本為天下除暴，不就大事，而以私怨斬壯士乎！”李淵聞之，壯其言。李世民曾去過馬邑，相助李淵擊突厥，與李靖亦舊識，知其軍略，惜其才，亦堅持向李淵代他求。李淵最終遂沒殺李靖。李靖由而了李世民的幕府。
比之李孝基、唐儉、王長諧、獨孤懷恩等人，李靖不僅在李孝基軍中的職務低，並且也因為他的這段經歷，其實他不怎麼被李孝基等人信任，是融不進李孝基等這些“宗室”、“元勳”的圈子，——要非看在李世民的臉面上，日常軍議，李孝基甚至都不可能會讓他參加。
因是，而在此際，忽然見李靖起出言，反駁唐儉，李孝基等人不約而同，沉默了稍頃。
帳中一時陷安靜。
李孝基為主將，是軍議的主持人，最先反應過來，問道：“李君，你有何高見？”
李靖恭謹地行了個禮，儘量地放和了聲調，說道：“元帥、諸公，僕不敢言說高見，管見一二，敢進獻元帥與諸公。僕愚以為，唐公的建議雖有道理，然以僕愚見，晉乃河東重鎮，不宜輕言棄之，此其一也；齊公儘管已離晉，然晉城尚未失守，我軍若擇兵，輕裝疾行，四五日可達晉城下，劉武周攻勢再猛，城中士氣再低，四五日，亦足以固守，此其二也；劉武周、李善道兩軍，武周疏，漢軍善戰，只要我軍集中全力，劉軍不難擊潰，轉再迎擊漢軍，主在我，此其三也。故僕以為，晉，決不可輕易放棄，仍當以速援為是！”
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