杜文煥拜表上奏不等朝廷迴文下來就擅離職守的行為讓朝廷很是惱火，於是朱由檢親自下詔褫去杜文煥右都督一職並撤去其延綏總兵、提督山陝各鎮軍務的差遣，並收回了賜給杜文煥蟒袍玉帶，然後下有司論罪。
最後兵部與刑部商議定了杜文煥一個擅離職守的罪，由於朱由檢前面已經罰過了，所以兵、刑二部在懲罰上面只是追加了一個永不敘用。
當時在綏德州鎮張存孟的洪承疇得知杜文煥擅離職守後，便趕往杜文煥回家的必經之路榆林衛等著他，一番苦口婆心的勸說杜文煥還是不肯回去，於是洪承疇也只能作罷。
洪承疇在得知杜文煥的罰決定後便果斷的落井下石，洪承疇把他收集的杜文煥黑材料給還沒有回京的吳牲。
吳牲回京之後拿著洪承疇給的證詞和證，上書彈劾杜文煥去年在延川鎮張存孟之時，搶劫民財、擄掠婦、殺良冒功之事。
最後經過都察院史來陝核實無誤後，杜文煥被流放雲南充軍。
《崇禎實錄》載：“罷總兵杜文煥，以去冬在延川縱部將李崇榮殺鄉民曹孟孝等男婦百九十九人，知縣王道行聞於按察使李天經，吳牲劾之。”
這個雙手沾滿無辜百姓鮮的明朝總兵，最終還是躲過了應有的懲罰保住了一條狗命！不過歷史終究會審判這種劊子手，使其永遠釘在歷史的恥辱柱上！
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