為了獲取關於“曉”組織的報以及追尋宇智波佐助的下落，木葉村決定派遣第七班和第八班前去追捕宇智波鼬。在執行任務的過程中，鳴人的一個影分意外地與鼬相遇了。
面對鼬，鳴人毫不退，他堅定地表達了自己拯救佐助的決心。鼬在確認了鳴人的決心後，出人意料地將一隻烏送了鳴人的，然後便轉離去。
不久之後，眾人與“曉”組織的新員——一個自稱為“宇智波斑”的神秘“面男”展開了一場激烈的戰鬥。儘管眾人竭盡全力，但他們的攻擊對這個神秘的敵人似乎完全無效。
就在戰鬥陷僵局的時候，眾人突然得知佐助已經殺死了鼬。這個訊息讓“斑”不再戰，他迅速地利用自己的空間忍，先眾人一步將倒地的佐助帶走了。
與此同時，佩恩侵了木葉村。鳴人在得知自來也被佩恩殺害的噩耗後，一度陷了深深的悲傷之中。然而，在伊魯卡和鹿丸的鼓勵下，鳴人最終重新振作了起來。
為了應對佩恩的威脅，鳴人決定前往妙木山修煉“仙”。在妙木山，鳴人經歷了艱苦的訓練，不斷提升自己的實力。
然而，就在鳴人努力修煉的時候，佩恩六道突然對木葉村發了突襲。由於鳴人此時並不在村中，佩恩便毫不猶豫地發了神羅天徵，瞬間將整個木葉村摧毀。
鳴人在妙木山經過艱苦的修煉，終於習得了仙人模式，並且還學會了新的——仙法·風遁·螺旋手裡劍。他的實力得到了極大的提升，今非昔比。
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