儘管表面上世界重歸和平，但那神秘組織並未被徹底消滅。他們在暗積蓄力量，策劃著更為險的復仇計劃。
數月後，平靜的海面下暗流湧。一些沿海村莊開始出現詭異的現象，海水莫名地上漲，彷彿有一無形的力量在控著海洋。漁民們出海歸來，帶回了令人骨悚然的訊息：深海中出現了巨大的影，像是某種未知的恐怖生。
白鬍子海賊團和世界政府艦隊察覺到了這些異常，他們重新聚集在一起，開始調查真相。經過一番探查，他們發現這一切都是神秘組織所為。該組織利用從之前戰鬥中竊取的神碎片，喚醒了深海中的古老邪惡力量。
這邪惡力量化作了巨大的海怪，它形如山，每一次遊都能掀起滔天巨浪。海怪所到之，船隻被輕易掀翻，沿海的城鎮被淹沒。
白鬍子海賊團和世界政府艦隊再次面臨嚴峻的挑戰。他們迅速制定作戰計劃，決定兵分兩路。世界政府艦隊從正面吸引海怪的注意力，用炮火進行攻擊；而白鬍子海賊團則利用神剩餘的力量，尋找海怪的弱點。
戰鬥打響，世界政府艦隊的炮彈如雨點般落在海怪上，但海怪皮糙厚，炮彈的攻擊效果甚微。海怪憤怒地咆哮著，用巨大的手橫掃艦隊，一艘艘戰艦被輕易摧毀。
與此同時，白鬍子海賊團在海怪周圍尋找著破綻。馬爾科憑藉著不死鳥的飛行能力，在空中仔細觀察海怪的行。終於，他發現海怪的眼睛是其弱點所在。
海賊團員們迅速行起來，他們駕駛著小船，靠近海怪。白鬍子發震震果實的能力，製造出強大的衝擊波，暫時制住海怪的行。其他員則趁機向海怪的眼睛發強力的武。
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