朱文正也知道，自己兵將寡，且後勤補給嚴重不足，如果沒有援軍的話，洪都城陷落也就是時間的問題。
於是，朱文正決定派千戶張子明連夜乘小船秘潛出敵營，向朱元璋求救。
元順帝至正二十四年（1364年）正月，朱元璋自稱為吳王，仍用宋龍年號，二月，朱元璋至武昌督戰，城破，圍攻凡六個月，陳理率張定邊等降。而這個時候，元朝朝廷的當今皇帝元順帝妥懽帖睦爾與皇太子爭權，二人各結其外援。
三月，右丞相搠思監等（太子派）用詔書解除孛羅帖木兒兵權，孛羅拒命。
四月，搠思監等命擴廓帖木兒討伐孛羅帖木兒。孛羅帖木兒率兵大都，元順帝捕搠思監與宦撲不花孛羅，孛羅殺二人。朱元璋命徐達等再攻廬州，左君弼逃往安，吳兵圍廬州。朱元璋命商稅三十取一；在江西設貨錢局鑄錢，名大中通寶，分大小五等。五月，擴廓帖林兒攻孛羅帖林兒，派關保等進大同。孛羅帖木兒攻大都。七月，吳軍攻克廬州。元皇太子兵敗，逃往擴廓軍中，孛羅帖木兒大都。八月，元順帝妥懽帖睦爾任命孛羅為中書右丞相，節制天下軍馬。
是年，朱元璋陸續攻克兩湖、江西原陳友諒所屬地。各地多風迎降，惟熊天瑞守贛州，拒常遇春，從八月至次年正月，始力盡而降。是年，張士誠浚常白茆港。
至正二十五年（1365年）七月二十九日，孛羅帖木兒宮時被殺手伯達兒等刺殺於延春閣李樹之下。刺殺行進行時，妥懽帖睦爾躲在室，約定事則放鴿鈴聲。聽到鴿鈴聲後，妥懽帖睦爾走出室，下令民間殺盡孛羅帖木兒的部下（即所謂“川軍”），同時命人將孛羅帖木兒的人頭裝進匣子裡，送到太原的皇太子之。
至正二十五年（1365年）的九月，擴廓帖木兒護送皇太子還京，元末皇帝妥懽帖睦爾任命其老臣伯撒裡為右丞相，擴廓帖木兒為左丞相，宮廷鬥告一段落。
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