司馬遹五歲時，宮中曾經晚上失火，晉武帝登樓遠。司馬遹拽著晉武帝的襟到暗。晉武帝問他原因，司馬遹說：“夜晚倉卒之間，應該防備非常變故，不應讓火照見陛下。”晉武帝因此認為他是奇才。司馬遹曾經一次跟著晉武帝觀看豬圈，對晉武帝說：“豬很，為何不殺掉來犒勞將士大臣，卻讓它們在這裡浪費糧食呢？”晉武帝認為他的主意很好，於是馬上讓人殺掉這些豬賞賜群臣。並著司馬遹的背，對廷尉傅祗說：“這小兒將來會興旺我司馬家呀！”後來，晉武帝當著群臣稱讚司馬遹像晉宣帝司馬懿，從此司馬遹的名便流傳天下了。
當時有氣占卜的方士說廣陵那個地方有天子之氣，所以晉武帝便封司馬遹為廣陵王，食邑五萬戶。以劉寔為師，孟珩為友，楊準、馮蓀為文學。
太熙元年（290年），晉惠帝司馬衷即位，立司馬遹為皇太子。廣泛選用有德的人為師傅，以何劭為太師，王戎為太傅，楊濟為太保，裴楷為師，張華為傅，和嶠為保。元康元年（291年），出居東宮，又有詔書說：“司馬遹年紀還小，現在出住東宮，只應仰仗師傅和各位賢士之訓。他的行止左右，應有正行之人與他周旋，能有所補益。”於是讓太保衛瓘的兒子衛庭、司空司馬泰之子司馬略、太子太傅楊濟之子楊毖、太子師裴楷之子裴憲、太子傅張華之子張禕、尚書令華暠之子華恆與太子相，以便互相輔導。
年紀稍長，太子司馬遹卻不好學，每天只與左右嬉戲胡鬧，也不知道尊敬師傅。皇后賈南風平素就疾恨司馬遹名聲好，因此暗地讓宮的宦到司馬遹跟前兒諂奉承說：“殿下確實應該趁著年輕力壯好好玩樂，何必自我約束呢？”每次見到司馬遹發怒了，就嘆道：“殿下不知道用威嚴刑法，天下的人怎麼會懼怕臣服殿下呢？”司馬遹所寵幸的蔣人生了個兒子，這個宦便又對司馬遹說應當厚加賞賜，為皇孫多造些玩好之，司馬遹依從。於是，司馬遹怠慢鬆弛日益明顯，還常常不上朝侍奉，常在後園遊戲。好矮車小馬，讓左右之人騎馳，弄斷韁繩，讓人墮在地上以取樂。或有違背者，用手捶擊他。個拘泥於小忌諱，不允許修繕牆壁、瓦蓋屋。
太子在宮中開設集市，讓人殺牲賣酒，太子親手掂量斤兩，輕重一點不差。他外祖父家是殺羊的屠戶，其影響，司馬遹對賣非常鍾。又讓西園賣葵菜、籃子、、面之類品，從中牟取利潤。按東宮舊禮制，每月錢五十萬，以備各種費用，司馬遹常常預支兩個月以供寵幸者之用。洗馬江統勸諫他時陳述的五件事，司馬遹不採納。舍人杜錫覺得司馬遹不是賈后所生，而賈后兇暴，深憂慮，每每忠心規勸太子修德行納善言，遠離讒言和誹謗。司馬遹發怒，讓人把針放在杜錫常坐的氈中來刺他，杜錫不知，落座後針扎部，流不止。
司馬遹剛烈，知道賈謐仗著賈后的地位而尊貴，不能為他所用。賈謐到東宮，司馬遹撇下他而到後庭遊戲玩耍。太子詹事裴權勸諫司馬遹說：“賈謐在中宮很寵，又有不順從你的表，如果有一天搬弄是非，則你的大事就完了。應當謙虛禮讓，以防其變，務請賢士，輔翼自己。”司馬遹沒有聽從。當初，賈后母親郭槐想讓韓壽的兒為司馬遹的太子妃，司馬遹也想與韓氏結婚以鞏固自己。可是韓壽的妻子賈午與賈后都不同意，卻為司馬遹聘了王衍的小兒王惠風。司馬遹聽說王衍的長漂亮，而賈后聘給了賈謐，心中為此不平，很說了一些不滿的話。
賈謐曾經與司馬遹下圍棋，爭棋路，都王司馬穎見後呵斥賈謐，賈謐心更加不平，因此在賈后面前誣陷司馬遹說：“太子買了很多田產，多積私財結小人，是因為想扳倒賈氏的緣故。暗地裡聽他說過：‘皇后死了以後，我一定要魚賈氏族人。’不但如此，如果皇帝死了，他居帝位，還要效仿以前我們廢楊氏的舊例，殺戮我們並在金鏞廢除皇后，易如反掌。不如早些安排他個所，另立一位慈順的太子保衛自己。”賈后採納了他的意見，又張揚太子的缺點，傳佈到朝野遠近。當時朝野都知道賈后有害太子之意，中護軍趙俊請太子發政變廢掉賈后，太子不聽。
元康九年（299年）十二月，賈后將要廢太子司馬遹，詐稱皇上不舒服，將司馬遹進宮中，到了，賈后卻不與他相見，把他安排在別室，派婢陳舞司馬遹吃掉事先準備的醉棗，司馬遹便醉得不行。再讓黃門侍郎潘岳打了個草稿，模仿司馬遹平常的口氣，讓小婢拿紙筆和草稿讓司馬遹抄寫下來。司馬遹迷不能辨，便依從而寫，筆畫不全的部分，賈后又令潘岳補上。這份抄寫的文字中寫到：“皇上、皇后你們快點自退位吧，你們不自退，我就進宮廢掉你們。然後我做皇帝，蔣人為皇后。”
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。他葬安禮之王陵廣用意同書詔”。法想的我述陳地昧冒，至勝不，儀禮懂不見淺昧愚實確妾。葬安禮王以他賜，恩天求請意特，憫憐實，終送禮之民庶用若，孫子的王帝是仍但，大很過罪然雖遹馬司。恨心酸人讓更，不志此。號名正以，誠虔度極，道孝思更，心銘骨刻他希下私妾。已自能不，心的痛悲我，折夭早又，逆悖迷他憐可，亡喪幸不遹馬司“：說表上后賈，他葬安禮之民庶用算打本。歲三十二時死遹馬司。面外到傳聲喊，喊聲大遹馬司，死打他把杵藥用慮孫，所廁到便，服肯不遹馬司，藥服遹馬司便慮孫。食飲置放子太給上壁牆在是還中宮，食飲的他絕斷，中坊小在居遷子太把便振劉，振劉了訴告事的遹馬司死毒要把慮孫。吃飯煮己自常常，死毒被怕恐遹馬司，初當。遹馬司子太害毒昌許到來藥毒著帶慮孫門黃讓詔假做風南賈，月三
：是則後日
。倫王趙殺還王齊，人戮廢為甘后賈
。春百四原中割瓜，主真無下天從一
