要知道清正司設立的初衷，就是為了對應這些當下頻發的妖和異變，而由大牽頭出錢出力，專門招攬天下的奇人異士、名家好手；組的特殊部門。一方面是為了保護天家及其宗室的周全
另一方面，也有過剷除妖邪、平定禍來變相張天家的權威；與外朝爭奪人心、民意的潛在需要；然而，卻因為當初的用人不慎和對應不當，放任幾個蠢貨的私心作祟，差點變笑話。
因此這一念之差，也也導致了清正司錯過了最大的關鍵人；結果在後來的爭取各種資源和權利管轄上；始終要低過外朝政事堂諸公，籍此另行建立的暗行史部/史臺第四院/兩京裡行院一頭。
直到後來十六衛背景的健銳五營，以及樞院直屬教導軍特訓隊的建立；這才在異常事態上，形外朝的政事堂、樞院和朝三省；三足鼎立相互制衡的局面；但清正司依舊是最為薄弱一環。
其中的暗行史部/兩京裡行院；相對實力最強、資源最多。因此在實際運作中被人為分為東都、西京兩部；以為相互制衡監督。固而東都本部編制和管轄最大，但是西京分司卻擁有最銳的人手。
其次才是軍中背景的健銳五營和教導軍特訓隊；但這兩者之間亦有潛在的差別。前者出自南衙十六衛的中軍系，也是朝廷常備的野戰軍序列；強調的是過選計程車卒，針對異類的械戰陣之道。
後者則是過與西京裡行院的合作，藉助一些初步運用的特殊手段，進行脈啟用/質強化；以較大耗費和代價獲得一批，質超乎常人數倍不等的強化軍士；配合量定製的特殊裝備作戰。
相比之下，清正司既沒有健銳五營那般，幾乎無窮無盡的現軍力資源；也不像戰鬥在妖一線的兩京裡行院，可獲得大量素材與培植原料，掌握著脈強化、裝備研發和奇使用、特殊救治手段。
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