這場痛哭持續了許久許久，直到淚水幾乎流乾，聲音完全嘶啞，他才在王承恩的再三哀勸下，勉強站起。他親自焚香，再次叩拜，然後以一種近乎虛的狀態離開了太廟。
太廟之後，便是清算涉事臣子了，儘管巡楊一鵬有楊澤瞞軍的前因，有其正在外地剿匪、馳援不及的客觀因素，但失地焚陵的後果必須有人承擔最高責任。
他與巡按吳振纓最終未能逃極刑和遣戍的命運，楊一鵬被判棄市家人流放極遠邊地，吳振纓在朝堂上關係，按理說他的罪責比楊一鵬還大點，他是直接棄逃跑了，但最後只判了一個流放嘉峪關，甚至沒有禍及家人。
徐州總兵馬壙，睢州總兵駱舉增援遲緩被下旨訓斥，鑑於他們手上還有兵馬，崇禎皇帝也就沒有對他們以極刑，仍命他們用心剿賊，不負朝廷期盼，南京兵部尚書呂維祺沒有提早支援，致使中都被陷，流寇焚燒祖陵，罷免南京兵部尚書由前任河南巡範景文替代，池河營提督趙世臣也被剝奪軍職，由前任延綏總兵杜文煥之子右都督杜弘域接任提督。
池河營是南京京營之一責任是守衛南京﹑保護祖宗陵寢，另外一個是神機營。
做完這些事後，崇禎皇帝開始當眾念罪己詔，這是崇禎繼位八年以來寫的第一份罪己詔，哪怕是崇禎二年後金破關寇圍京師他都沒寫，再往後到大明滅亡前他還寫了五份。
罪己詔容是說他無德但核心容還是甩鍋，開頭便說他以淺薄的德行繼承皇位，本希與天下臣民共同革新政治，恢復祖宗時期的盛世局面。
不料因用人失當，導致外敵猖獗、四起。建州真原本是我朝附屬，流寇原本也是我大明子民，若是安管控得當，豈敢反抗朝廷？
。極至慨憤愧在實，思反夜深，停難稅加而敝凋生民，止不調徵卻乏匱庫國。所失離流姓百，戰征期長隊軍，年七作寇流，侵次三兵奴建使致。寥寥者功建幹實，徒之詐欺誇浮了用重惜可，多眾之才人武文，力國之盛全朝我以
。姓百安下宗祖上能方，敵頑滅殲首賊獲擒盼期。平期限，餉籌兵增是於。我於在實責罪，仇結姓百、痛蒙宗祖使，陵皇擾驚竟寇賊，月正年今
。舉一此在就姓百救拯，兵調增，餉軍加追已現？寧安得時何下天，剿清力全不若？承以何，之首疾心痛。火水陷重姓百，遭再方地。廷朝視藐敢竟民兵，類匪於辱將大至甚。獗猖度再勢賊使致，誤失策決們員料不
。日之定平賊至直，心決的苦共甘同們士將與明表此以，政理青穿皆，外禮典大重除。舞樂除撤、食膳減，殿英武居移日三月十年今於定特，服華穿獨忍不我，險冒甲披們他到想；食獨忍不我，水冷食們他到想；宮深臥安忍不我，宿風餐們他到想。念掛深我，迫寒飢、宿餐風士將地各、員武文中軍及念
。寇頑滅殲力全，心核軍賊搗直。攻總圍合施實，同協絡聯週當。生蒼救共心朕察，軍全諭傳意旨將須臣大理總與督總，運國扶匡心同下上，節志來未礪砥，失過往過省反當也員武文
。機戰失錯糧斷途中免避，續接草糧保確要。竄逃敵縱財搶貪得不。深軍孤可不，戰車與伏埋備防須但，散潰會自眾餘，殲被力主要只，實幹骨心核，多雖眾賊
