攻打掖縣幾天，登州叛軍的傷亡不大，守城兵傷亡不大死的都是山東百姓，而孔有德知道不能這麼耗下去了，得抓佔領山東北部才能迎擊後續到來的軍甚至還有關寧軍，他久在遼東知道他們戰力，一旦圍剿不順崇禎肯定會讓他們來的。
於是命令在登州的李九調孫元化之前購買的紅夷大炮八門用牛車拉著到萊州前線支援。
同時讓隊伍裡面的炮灰在掖縣附近修炮臺準備等紅夷大炮來了就開炮轟裡面的軍。
就在這時遼東水師帶著一支川兵前來增援掖縣，本來這川兵是打算去收復旅順的，因為陳有時，承祿叛佔領了這裡，川兵的彭友謨到了旅順後發現這裡已經被黃龍還有尚可喜收復，於是又繼續南下萊州府城增援軍。
川兵戰力強，到了以後發衝鋒居然擊敗了孔有德部，毀掉了他修築不日子的炮臺。
城徐從治和謝漣趁機出城修築了城外的防工事，就這麼和孔有德對峙了下來。
此後孔有德繼續驅趕炮灰進攻萊州府城掖縣，川兵善戰，守的滴水不，而炮灰們已經恨叛軍骨了也沒有好好攻城，孔有德部連攻掖縣一月未下。
到了三月底，崇禎遣兵部侍郎劉宇烈率薊鎮總兵鄧杞和雲副將牟文綬兩部共七千大軍南下，又大方的撥給了劉宇烈六門紅夷大炮，讓他增兵萊州一舉滅掉孔有德。
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