在曹變蛟和王樸到了之後，崇禎皇帝正式任命孫傳庭為總督漕運山東河北軍務，原來的陝西巡職位由丁啟睿接任，洪承疇的三邊總督也卸任了由鄭崇儉接任，他去當薊遼總督。
清軍進山東後，孫傳庭開始和高公公商議該如何協防山東，他認為清軍可能從德州去濟南或者是過大運河去濟南。
兩人商議後，孫傳庭讓王樸率軍去防守德州，高起潛和吳襄率軍去防守臨清州，同時讓山東各地明軍去德州防守，令山東巡繼祖，登萊巡楊文嶽兩人一起去德州坐鎮。
山東兵自吳橋兵變後就沒恢復過來了，前任山東總兵劉澤清此前調任通州總兵將能打仗的都帶走了，新任山東總兵倪寵上任後除了自己家丁，手上就沒有能打的部隊了。
多爾袞得知德州已經有重兵防守了，於是和嶽託商議後率軍從臨清進兵，這裡只有之前被他們打敗的高公公和吳襄的五千兵馬防守臨清，而多爾袞他們本沒有打臨清直接繞過了這裡渡過運河直撲濟南，清軍有三萬多兵馬，高公公和吳襄本攔不住，只得飛速上報朝廷和總督孫傳庭。
濟南作為山東的首府又是德王的藩封之地，僅有三千多臨時徵集鄉勇防守，看到清軍架設雲梯準備進攻後，全都不戰而逃，在崇禎十二年正月初二被清軍一鼓而下，鎮守濟南的山東巡按宋學朱不會騎馬，坐著轎子逃跑結果被清軍攔住然後刀砍死。
清軍在濟南展開了慘無人道的大屠殺，百姓被殺十三萬，濟南全城被劫掠一空，德王朱由樞被俘，隨後清軍再次攻陷東平、莘縣、館陶、穀、壽張，無論是士紳還是百姓都遭了老罪了。
唯一給清軍在山東行造損失的就是天花大將軍，代善的兒子，揚武大將軍嶽託染天花在濟南死了。
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