過了年以後，秦明對書院各學舍做了重新劃分和命名，現在書院總共有五院落，正好分了四個學院和一圖書館。
從書院大門往裡走，分別是儒學院、算學院、醫學院，工學院，最裡邊的是圖書館和學院教書先生的辦公區。
儒學院主修四書五經，這裡的學子以四歲到七歲的孩為主，儒學院現在沒有大儒坐鎮，院長之位於空懸狀態，只有秦明請來的教書先生。教學容主要以教學子們讀書識字為主。等以後有了大儒加，再增加相應課程。
不過儒學院雖然沒有院長，但在書院的重要也不低，因為其他三個學院的學子，如果識字不全，每天也需要在儒學院聽一堂課，直到把字認全為止。
所以可以說大部分書院的學子，都算是儒學院的學子，學子們也只有識字了，才能更好更快的在其他學院學習技能。
算學院主修算學，這裡的學子以十歲到十四歲為主，算學院現在的院長是楊梓君，教書先生則是年前府裡培養出來的賬房。
教學容主要是算學，這些學子以後也將為秦府各項產業的賬房先生。
醫學院主修醫，這裡的學子年齡偏大一些，以十二歲到十六的為主。現在醫學院的院長是孫思邈，教書先生以孫思邈的徒弟們為主。
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