經歷了本部攻防戰事件後，NERV日本本部損毀嚴重，原總司令碇源堂、技開發部負責人赤木律子被認定KIA。
NERV日本本部解散，【NERV JAN】立。
葛城里接過指揮權擔任司令代理，並在三年後正式晉升為總司令。
伊吹耶擔任技開發部技局一課負責人。
除第一適格者綾波麗以外，又有三名綾波麗克隆被投使用，擔任以量產機殘骸改裝而的零號機試製II式改的駕駛員。
以及，名為‘星殼’加爾卡的牙買加男加NERV JAN為編外戰力·終極泛用人型決戰兵‘巨神裝’（GIGANTIC XD）駕駛員。
三年間，星殼與主角方關係日益融洽，為同生共死的戰友和摯友。被星殼所救的二號機駕駛員明日香更是傾心於星殼。
在經歷了一系列事件後，初號機逐漸覺醒進化，一步一步為最終號機。
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