林石不愧是皇帝欽點的能臣幹吏，即便面對如山力與錯綜複雜的局面，查案依舊雷厲風行。
不過數日工夫，他便將“林玉宣殺害司徒清燕”一案的表面證據鏈梳理得清晰無比，呈報給了三皇子司徒清揚。
那份案卷記錄詳實，人證證羅列分明，乍看之下，幾乎無可辯駁：
行蹤方面，有守城兵丁與沈家別院附近的佃戶作證，林玉宣與司徒清燕一前一後前往城郊別院，時間銜接，看似早有約定。
證方面，在別院林玉宣飲酒的房間裡，找到了他平日慣用的一把湘妃竹摺扇。經其小廝及幾位同窗好友辨認，均確認此扇是林玉宣心之，幾乎從不離，出現在案發房間，意義重大。
人證則更為關鍵。別院主人沈百萬的次子沈永“適時”現，主至按察使司投案作證。他聲稱自己邀約林玉宣前往別院飲酒散心，不料自己先醉倒。醒來時，驚見司徒清燕已在房中，正哭訴林玉宣借酒勁玷汙其清白，並以死相。沈永自稱竭力勸解，林玉宣當時亦承諾會負責。因懼怕齊王遷怒沈家，沈永急忙回城稟報父親，待他再返別院，已空無一人。恰逢齊王尋風波，他心中恐懼未敢聲張，直至聽聞司徒清燕死訊，深良心譴責，方鼓起勇氣出面。
這套說辭，幾乎完“還原”了一個“求不遂、惱怒、繼而殺人”的故事框架，將林玉宣牢牢釘在了“先後殺”的恥辱柱上。輿論幾乎一邊倒地要求嚴懲兇徒，以正國法。
然而，林石並未被這看似嚴的證據鏈所迷，亦未屈服於洶湧的輿論力。他在案卷末尾，以極其審慎的筆，堅持寫上了兩關鍵疑點：
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