但自我懷疑歸自我懷疑，康熙該做的事還是要做的，在看了一眼奏摺以後，康熙將西北有戰功的年羹堯提拔為川陝總督，之後，康熙立刻派遣將領去鎮朱一貴的起義軍。
此時，臺灣的朱一貴義軍卻陷了鬥。
事是這樣的，隨著起義軍節節勝利，臺灣被起義軍佔領了，朱一貴的手下們立刻開始出餿主意，就說大家跟著你打天下需要一個名分，勸朱一貴稱王。
朱一貴本來就是農戶出的，確實也沒怎麼讀過書沒什麼見識，於是朱一貴答應了稱王。在打下了臺灣府城以後，整個臺灣除了北部淡水以外，都已經由義軍掌控，原本的臺灣知府王珍也已經逃得不見人影了。於是，朱一貴由“大明中興大元帥”稱號改為“中興王”，建元“永和”。這現了朱一貴確實有短視的弱點，立足未穩時卻選擇稱王，這排斥了臺灣本地計程車紳階層，他們想要染指權力，但朱一貴急著稱王分割權力，導致他們沒拿到想要的——士紳階層離心了。
當然，這其實也不是什麼大事，自古以來的農民起義目標都是打碎舊王朝，也自然不一定要和士紳階層合作！但朱一貴起義的問題最終還是出在部。
此時義軍彷彿形勢大好，隨著義軍的節節勝利，部的矛盾分裂就開始了，之前率部加了起義軍的杜君英開始想獲得更大的權力。由於朱一貴沒有兒子，杜君英居然提出了離譜的要求：“大王，既然你沒有兒子，何不立我的兒子當太子？這樣我們兩家如一家，才有機會推翻清朝！”
杜君英也是個短視的人，臺灣都沒全部打下來，他就開始想天下了，並且提議自己兒子當別人家的太子，這種話簡直是稽。朱一貴雖然沒有什麼文化，卻也直接拒絕了杜君英：“我朱一貴雖沒什麼學識，但也知此等事不可胡來。你莫要再提這荒唐要求，好好與我一同對抗清軍才是正理。”杜君英見朱一貴拒絕，心中大為不滿，表面上應承著，可暗地裡卻開始謀劃。他聯合了一些同樣對朱一貴心懷不滿的將領，打算伺機而。而朱一貴這邊，並未完全意識到部的危機，依舊忙著部署防清軍的事宜。
此時，被派來鎮起義軍的清軍將領已率領大軍近臺灣。清軍的近並沒有讓起義軍部的矛盾暫時被擱置，杜君英在尋找著新的機會。在一次與清軍的小規模衝突中，杜君英故意拖延戰機，導致義軍損失慘重。朱一貴得知此事後，怒不可遏，他決定徹查此事，而這一查，也讓杜君英的謀逐漸浮出水面…
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