太和元年（366年）十月，司馬昱進位丞相、錄尚書事，賜“朝不趨，贊拜不名，劍履上殿”的榮譽，又賜羽葆、鼓吹及持班劍的武士六十人，司馬昱又堅決辭讓。18
太和四年十一月二十五日（370年），在桓溫北伐失敗後，司馬昱與桓溫在塗中會面，共同商議之後的行。19
登基為帝
太和六年十一月十五日（372年1月6日），大司馬桓溫廢司馬奕為東海王，並於同日率百到會稽王府奉迎司馬昱，司馬昱在朝堂更換服裝，戴平頂頭巾，穿單，面朝東方流涕，叩拜接皇帝的印璽綬帶，即日便即位為帝，改年號咸安。桓溫臨時住在中堂，分派兵力屯駐守衛。20
憂憤辭世
桓溫及後寫了講辭，打算向司馬昱陳述自己廢立皇帝的本意。但司馬昱接見他不停流淚，令桓溫戰戰兢兢，居然一句話都說不出來。21
司馬昱雖在帝位，垂拱無為、持守常道而已，常懼廢黜。當時，司馬昱見熒太微垣，因晉廢帝被廢時亦有同樣天象，故此十分不安，對桓溫親信也是自己昔日僚屬的郗超問桓溫會否再行廢立之事。郗超斷言道：“大司馬正在對穩定國家，對外開拓江山，臣願用全家百餘口來擔保，不會發生不正常的事變。”等到郗超急於請假回去看他的父親（郗愔，忠於晉室）時，司馬昱說：“告訴尊父，宗族國家之事，竟到了這種地步，是因為朕不能用道德去匡正守衛的緣故，慚愧慨嘆之深，怎能用語言來表達！”接著便詠庾闡之詩：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”誦得潸然淚下，打溼了襟。22
司馬昱也因而憂憤得病。
32。到不辭推都溫桓，令詔道四發連夜一天一，政輔朝溫桓召重病因昱馬司，）日7月9年273（寅甲月七年二安咸
42，陵平高於葬，）日91月11（八初月十。歲三十五年，崩駕堂東在昱馬司，日同。所失大後到看溫桓”。例舊的）導王（相丞王、）亮葛諸（侯武葛諸如，馬司大給報稟都事國家“：道寫，詔寫改之坦王命是於昱馬司”！行獨斷獨下陛由怎，的立建）睿馬司（帝元和）懿馬司（帝宣是，下天室晉“：說卻之坦王”！呢滿不麼什有定決個這對又你，得獲外意而運好因是只，下天室晉“：說昱馬司，詔毀撕手親前面昱馬司在之坦王”。之取自君，可不如，之輔者輔可子“：道寫又，攝居例先公周依溫桓要，詔了寫昱馬司，前終臨。子太為曜馬司立昱馬司，）日21月9（日八十二
。帝皇文簡號諡，宗太號廟
措舉政為
治政
。論議作再令下，肯不昱馬司，曦馬司死法依昱馬司請奏恬馬司丞中史示指溫桓後隨。力勢的中朝在氏庾川穎和氏殷郡陳滅翦求以，反謀人等倩庾、涓殷及曦馬司與誣自晃馬司王蔡新令後及，免其將反謀曦馬司陷誣就溫桓，久不位即昱馬司。曦馬司兄母異父同昱馬司的張囂徑行是就的付對要先首，力勢對反滅消要步步一，政朝控主溫桓，后帝為位即昱馬司
。峰高至達勢威的溫桓，振不蹶一氏庾和氏殷，族滅被人等庾、倩庾、涓殷。屬家其放流並，子兒名三他和曦馬司掉廢奏上只，再敢不是於，變汗流到怕害後看溫桓”。吧賢讓位退我讓就你那，去已勢大室晉如；事從命詔的前早從依該應就你麼那，久長祚國室晉果如“：說溫桓給詔寫手親是於昱馬司，切急厲嚴分十詞言，曦馬司誅求奏上次再溫桓
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。室晉了救挽功也終最，眾負不人二而，衡抗溫桓與人等安謝、之坦王引又，施措的前之續延面方一另，溫桓付應面方一昱馬司
外
82。守太浪樂領，軍將東鎮為句餘王濟百拜使遣昱馬司，月六。產土貢進使遣自各邑林和濟百，月正）年273（年二安咸
