這些“幽影水母”似乎將聯盟艦隊當了侵領地的敵人，瞬間發了攻擊。它們的鬚釋放出一道道黑的電弧，擊中戰艦後，竟能直接穿部分護盾，對艦造破壞。
聯盟艦隊即刻展開反擊，子炮、量子脈衝武齊發，然而這些常規武對幽影水母的傷害卻十分有限。關鍵時刻，靈幻大陸的魔法師們聯手施展了一種大型的元素封印魔法，試圖困住這些水母生。星語族的心靈應戰士們則努力與它們建立心靈通，嘗試傳達聯盟並無惡意的資訊。經過一番苦戰與艱難的通，幽影水母們似乎理解了聯盟的來意，停止了攻擊，緩緩地散開，讓出了一條道路。
聯盟艦隊繼續前行，終於抵達了幽影深空的核心區域。這裡有著一座巨大的、散發著神秘芒的結構，像是一座由古老文明留下來的巨型空間站，但它的構造和執行原理卻遠遠超出了聯盟現有的認知範疇。科學家們興不已，迫不及待地派遣探測機人靠近，想要揭開它的神秘面紗。
在對這座神秘結構進行研究的過程中，聯盟的科研團隊遇到了重重困難。它的表面有著一層強大的能量防護層，常規的探測手段本無法穿。而且結構部似乎有著自己獨特的空間法則，進其中的機人常常迷失方向，甚至莫名失聯。經過無數次的嘗試與失敗，聯盟的科學家們結合了幻聖研究中獲得的關於能量控的知識，以及星淵晶簇對時空扭曲的原理，終於找到了突破能量防護層的方法。
進結構部後，聯盟發現這裡佈滿了錯綜複雜的通道和各種奇異的裝置。有的裝置像是巨大的能量核心，源源不斷地釋放出暗能量波；有的則像是資訊儲存庫，可惜聯盟一時之間還無法解讀其中的容。在不斷的探索中，他們意外發了一個古老的防機制，一時間，結構部湧出了大量的機械守衛。這些守衛外形猶如古代的戰甲，手持能量武，行敏捷且配合默契，對聯盟的科研人員構了巨大的威脅。
聯盟的護衛部隊迅速投戰鬥，與這些機械守衛展開了激烈的鋒。星際戰士們利用靈活的戰和先進的武裝備，逐漸找到了機械守衛的行規律，開始逐個擊破。而科研人員則抓時間，在戰鬥的間隙儘可能多地收集資料、研究周邊的裝置。經過一番苦戰，聯盟功制住了機械守衛，並且獲取了一部分關於結構執行原理以及幽影深空維度奧秘的關鍵資訊。
憑藉著這些珍貴的資料，聯盟的科學家們回到聯盟總部後，展開了更進一步的深研究。經過數年的努力，他們功研發出了基於幽影深空維度技的“維航行”，這種航行能夠突破常規的宇宙空間維度限制，實現瞬間越遙遠距離的星際旅行，極大地拓展了聯盟的活範圍和戰略優勢。
在軍事層面，聯盟利用維航行的優勢，重新調整了宇宙艦隊的部署和戰略規劃。艦隊可以在瞬息之間出現在潛在敵對文明的邊境，形強大的軍事威懾。同時，也能更快速地響應聯盟各星區出現的急況，保障聯盟部的安全穩定。
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