三好義興的死不僅讓三好長慶陷崩潰，也讓近畿權力平衡悄然再度發生變化。最明顯的變化，來自於將軍足利義輝。這位曾長期制於三好家的劍豪將軍，在三好義興死後，心中又一次生出了恢復幕府權威的悸。
此前，足利義輝雖返回京都，恢復了將軍的禮儀待遇，卻無任何實際權力。近畿的兵權、財權盡在三好家手中，幕府奉公眾不過數百，連京都治安都由三好家委派負責。他之所以對三好義興親近，很大程度上是因為三好義興的溫和，讓他看到了幕府與三好家共存的可能。
可三好義興一死，三好家陷混，足利義輝敏銳察覺到，這或許是恢復幕府權力的絕佳機會。他先是聯絡幕府舊臣，奉公眾上野信孝殘餘勢力，以及曾依附幕府的京都豪族，將他們集結在二條城周邊，悄悄擴充奉公眾規模。再與京都公卿頻繁接，以維護朝廷禮儀為名，爭取他們的進一步支援。
公卿本就對三好家專權有所不滿，如今三好家失去了那位他們認可的三好義興，自然願意向將軍這方面再度靠攏。甚至，足利義輝還派人再度前往近江國，試圖與六角義賢暗中建立聯絡，約定若發難三好家，六角家再度出兵支援。
足利義輝的小作很快被三好家察覺，三好長逸提議派兵控制二條城，徹底足利義輝以絕後患，卻被病重的三好長慶一言否決：“義興剛死，若對將軍武，恐失天下人心。”松永久秀此刻則有著自己的盤算，他想借足利義輝的異索要更多自主權力。
因此三好家上下對於足利義輝，都只得睜一隻眼閉一隻眼，這種放任讓足利義輝的膽子越來越大，甚至開始公開理一些原本由三好家負責的事務，裁定京都周邊領地糾紛，接見地方豪族使者。
與此同時三好家地方控制力開始下，教興寺之戰後三好長慶憑藉威勢，調停了利元就與大友宗麟之間的衝突。當時利家與大友家為爭奪北九州領地，已在後國發多次激戰，三好長慶以近畿霸主名義，派人前往斡旋，最終促後和議，約定邊界，劃分範圍。
彼時的利元就與大友宗麟，雖各自稱霸一方，卻也不得不給三好家幾分薄面。可到了如今，當利家與大友家再次發生衝突時，三好家的調停卻失靈了。利元就直接拒絕接三好家調停，大友宗麟更是乾脆直接出兵攻佔利家筑後國除門司城外的全部據點。
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