皇帝徵召戴淵、劉隗回建康保衛京城。劉隗到的時候，百都在路上迎接，劉隗戴著頭巾，高談闊論，一副滿不在乎的樣子。等進宮見到皇帝，他和刁協勸皇帝把王氏家族的人都殺了，皇帝沒答應，劉隗這才有點害怕。
司空王導帶著堂弟中領軍王邃、左衛將軍王廙、侍中王侃、王彬以及其他宗族二十多人，每天一大早就到朝廷等著治罪。周顗要進宮，王導喊他：“伯仁（周顗字），我一家老小上百口人的命就託付給你了！”周顗頭也不回，徑直就進去了。見到皇帝后，周顗說王導很忠誠，極力為他辯護求，皇帝聽進去了他的話。周顗喜歡喝酒，喝醉了才出來，王導還在宮門，又喊他。周顗也不跟他說話，回頭對邊的人說：“今年要是殺了那些臣賊子，就能拿到像鬥那麼大的金印，掛在胳膊肘後面啦。”出來之後，周顗又上表給皇帝，說明王導無罪，言辭十分懇切。但王導並不知道這些，心裡特別恨他。
皇帝讓王導重新穿上朝服，召見了他。王導磕頭說：“逆臣賊子，哪個朝代沒有啊，沒想到現在竟然出在我王氏家族裡！”皇帝著腳跑過來，拉著他的手說：“茂弘（王導字），我還得把重要的大事託付給你呢，你這說的是什麼話呀！”
三月，皇帝任命王導為前鋒大都督，給戴淵加授驃騎將軍。還下詔說：“王導能為了大義滅親，就按我當安東將軍時的規格，給他符節。”任命周顗為尚書左僕，王邃為右僕。皇帝派王廙去傳達旨意，讓王敦停止行，王敦不聽，還把王廙留下，王廙反而被王敦所用。徵虜將軍周札，向來險好利，皇帝任命他為右將軍，都督石頭城的各項軍事。王敦快到的時候，皇帝讓劉隗駐軍金城，周札鎮守石頭城，自己親自穿上鎧甲，到郊外巡視軍隊。又任命甘卓為鎮南大將軍、侍中，都督荊、梁二州的軍事，讓陶侃兼任江州刺史，讓他們各自率領所部軍隊，從後面追擊王敦。
王敦到了石頭城，本來想攻打劉隗。杜弘對王敦說：“劉隗手下不怕死的人很多，不太容易攻克，不如攻打石頭城。周札這人刻薄恩，他計程車兵都不願為他賣命，攻打肯定能取勝，周札一敗，劉隗自然就跑了。”王敦聽從了他的建議，讓杜弘做前鋒，攻打石頭城，周札果然開門放杜弘進去了。王敦佔領石頭城後，嘆道：“我再也做不品德高尚的事了！”謝鯤說：“怎麼會這樣呢！只要從今往後，把這些不愉快的事一天天忘掉就好了。”
皇帝命令刁協、劉隗、戴淵率領軍隊攻打石頭城，王導、周顗、郭逸、虞潭等人分三路出戰，結果刁協等人的軍隊都大敗。太子司馬紹聽說後，想親自率領將士去決戰，剛上車準備出發，中庶子溫嶠拉住馬韁繩勸道：“殿下您是國家的儲君，怎麼能拿自己的生命開玩笑，把天下置於不顧呢！”說著出劍砍斷馬鞅，司馬紹這才作罷。王敦擁兵自重，不朝見皇帝，還放任士兵四搶掠，皇宮和朝廷裡的人都四逃散，只有安東將軍劉超按兵不，一直護衛著，還有兩位侍中陪在皇帝邊。皇帝下軍裝，穿上朝服，環顧四周說：“要是想坐我的位子，早點說呀！何至於把老百姓害這樣！”又派使者對王敦說：“您要是還念著朝廷，就趕停止用兵，這樣天下還能相安無事。要是不這樣，那我就回琅邪，給您讓賢。”
刁協、劉隗戰敗後，一起進宮，在太極殿東邊的臺階上見到皇帝。皇帝拉著刁協、劉隗的手，流著淚泣，勸他們趕躲避災禍。刁協說：“臣願意拼死堅守，不敢有二心。”皇帝說：“現在況危急了，怎麼能不走呢！”於是讓人給刁協、劉隗準備好人和馬，讓他們自己想辦法。刁協年紀大了，騎不了馬，平時又沒什麼恩，招募跟隨他的人，結果都跑了，走到江乘的時候，被人殺了，把頭送給了王敦。劉隗逃到後趙，後來至太子太傅才去世。
皇帝讓公卿百到石頭城去見王敦，王敦問戴淵：“前幾天打仗，你還有餘力嗎？”戴淵說：“哪敢有餘力，是實在力量不夠啊！”王敦又問：“我這次的舉，天下人怎麼看？”戴淵說：“只看表面的人會說這是叛逆，能會您真心的人會覺得這是忠誠。”王敦笑著說：“你還真會說話。”又對周顗說：“伯仁，你對不起我！”周顗說：“您興兵犯上，下我親自率領六軍抵抗，卻沒能功，讓朝廷的軍隊戰敗，就因為這事兒，我對不起您。”
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