孝莊為了鞏固皇權，給順治安排了一樁政治婚姻，讓他娶了自己的侄，蒙古科爾沁部的孟古青為皇后。可順治本不喜歡這位皇后，覺得驕橫跋扈、奢侈浪費，非要廢了。孝莊堅決反對，知道這樁婚姻關係到清朝和蒙古的聯盟，不能說廢就廢。可順治鐵了心，甚至以“皇后無能”為由，強行廢黜了孟古青，改封為靜妃。
母子倆的矛盾越來越深，順治不僅不聽孝莊的話，還越來越沉迷佛法，甚至想剃度出家。後來，順治寵的董鄂妃去世，他更是萬念俱灰，也越來越差。1661年，順治帝駕崩，年僅24歲。
中年喪夫，晚年喪子，孝莊接連遭沉重打擊。可沒有倒下，因為知道，大清的江山還需要支撐。順治去世後，8歲的玄燁登基，也就是康熙帝。孝莊被尊為太皇太后，再次承擔起輔佐主的重任。這一次，吸取了輔佐順治的教訓，改變了教育方式，決心把玄燁培養一個合格的皇帝。
孝莊對康熙的教育，那可是全方位、立化的。不僅教康熙讀書寫字、治國理政，還教他如何做人、如何忍、如何在複雜的政治環境中生存。
孝莊給康熙制定了嚴格的學習計劃：每天凌晨四點就得起床讀書，中午只能休息一會兒，晚上還要複習功課，一年四季，風雨無阻。康熙後來回憶說，自己小時候讀書特別刻苦，甚至累得咳，但孝莊從來沒有心疼過，反而告訴：“你是天子，將來要治理天下，必須要有真才實學，不能怕吃苦。”
除了讀書，孝莊還注重培養康熙的實踐能力。經常給康熙講太祖努爾哈赤、太宗皇太極創業的故事，讓他明白江山來之不易；還讓康熙參與理一些簡單的朝政，鍛鍊他的政治思維；遇到重要的決策，也會引導康熙發表自己的意見，然後再給出自己的建議，而不是直接替他做決定。
康熙登基初期，朝廷裡有四個輔政大臣：索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜。其中鰲拜最為囂張跋扈，他仗著自己戰功赫赫，本不把康熙放在眼裡，獨斷專行，結黨營私，甚至擅自死大臣，嚴重威脅到了皇權。
孝莊知道，鰲拜不除，大清的江山就不得安寧。但也知道，康熙年紀還小，不能。於是再次使出了“忍”的絕招，讓康熙表面上對鰲拜恭敬有加，暗地裡卻在培養自己的勢力。支援康熙選拔一批強力壯的年，在宮中練習布庫（摔跤），名義上是陪康熙玩耍，實際上是在訓練一支親信部隊。
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