崇文院作為國家最高典籍管理機構，其人員的選拔，尤其是能夠進核心區域秘閣者，素以嚴格著稱。
理論上，需滿足以下條件。
出清白的“正途”。首選科舉進士及第者，尤其是那些在經學、史學、小學上有專長的新科進士。其次則是門蔭仕，但家世必須清白，父祖多為文清流，且本人需過相應的經義考試。
嚴謹的背景審查。由吏部牽頭，會同翰林院、甚至可能秘涉及皇城司，對候選人的家世、品行、師承、社往來進行全面核查，確保其政治上可靠，無不良記錄。
特殊的薦舉保任。很多時候，進崇文院尤其是秘閣需要朝廷重臣或院中資深學士的薦舉擔保。被薦舉者若出現問題，薦舉人需承擔連帶責任。
這套流程看似天無，確保了秘閣人員的“純潔”。然而，在北宋末年吏治漸趨腐敗的大環境下，再嚴格的制度也會出現裂。
“恩蔭”的濫用，一些高顯貴子弟，即便才學平平，亦可憑藉父祖恩蔭，佔據秘閣中的一些閒散職位，將其作為跳板，鍍金以待日後升遷。這些“衙”往往尸位素餐，卻無人敢管。
“薦舉”的變質，薦舉制度逐漸淪為權錢易、結黨營私的工。蔡京、貫等權臣，常將心腹或需要安置、保護的人員，過其控制的員進行“薦舉”，塞崇文院這類“清貴”之地，既避人耳目，又便於掌控。
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