“宇宙自然保護協會”立後的一年裡，綠能技在聯盟星域的應用效顯著——破碎星區的星際牧草覆蓋面積擴大了三倍，為星際牧場；被虛空族破壞的藍星附屬星球，磁場過綠能核心修復，重新恢復了宜居環境；甚至連原始星核區的新星核，都因綠能的滋養，能量波變得更加穩定。
然而，一場突如其來的危機悄然降臨。這天，多個星域的綠能淨化站同時發出警報，綠能核心的能量輸出突然銳減，部分淨化站的核心晶甚至出現了黑腐蝕紋路。林夏接到報告時，正與綠星首領在守護星商議生態協同計劃，兩人立刻帶領技團隊，前往最早出現異常的北航道綠能站。
抵達後，技團隊檢測發現，綠能核心的腐蝕紋路中，藏著一種從未見過的“噬能微生”——它們以綠能為食，繁速度極快，且能過宇宙能量網路快速傳播。“這些微生不是自然產生的。”綠星首領看著顯微鏡下的微生，臉凝重，“它們的基因序列中，有明顯的人工改造痕跡，有人在故意破壞綠能系統！”
雲航得知訊息後，立刻前往聯盟總部，調取近期各星域的人員流記錄與能量異常資料。經過排查，發現噬能微生的傳播源頭，指向了聯盟邊緣的“廢棄礦星”——那裡曾是暗影域的藏據點，雖被聯盟清理，卻仍有未被發現的暗哨。
林夏隨即帶領聯合艦隊前往廢棄礦星。礦星表面佈滿了廢棄的礦，艦隊在最大的礦深，發現了一座藏的實驗室，實驗室的控制檯前，幾名穿著黑斗篷的人正作儀，向宇宙能量網路中注噬能微生的培養。“是暗影域的餘黨！”艦隊員厲聲喝道，立刻發起攻擊。
黑斗篷人見狀，啟了實驗室的自裝置，試圖銷燬證據。林夏眼疾手快，帶領小隊衝進去，在自前奪下了培養的樣本與實驗記錄。從記錄中得知，暗影域餘黨試圖過破壞綠能系統，引發聯盟星域的生態崩潰，趁機重新侵聯盟。
“必須儘快研發出抑制噬能微生的藥劑！”返回總部後，林夏召集聯盟各文明的生學家與綠星技團隊，立“抗噬能研究組”。雲航則帶領守護者小隊，在宇宙能量網路中佈設“能量濾網”，暫時阻止微生進一步傳播。
研究過程並非一帆風順——噬能微生的變異速度極快，普通的抑制劑剛研發出，就被微生突破。就在眾人陷困境時，雲航想起了守護星文明火種庫中的記錄：“上古時期，綠星文明曾用‘星核花’抑制過類似的噬能生，或許我們可以嘗試！”
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