偽裝艦隊撤退後，星塵聯盟並未放鬆警惕。雲航在“穹頂號”召開戰後會議，提出深暗質星雲探測的計劃：“我們必須查清星雲是否還有更龐大的軍事力量，以及暗質母艦的來源。如果放任不管，它們遲早會捲土重來。”
星靈首領主請纓：“我的族人能知暗質能量的流，可作為探測嚮導。但星雲深的暗質濃度極高，普通星艦無法承，需要對‘啟明號’進行改造。”
接下來的三天，各文明共同協作改造“啟明號”——赤巖文明為艦加裝了三層抗暗質裝甲；藍溪文明將態星核能量注引擎，提升力與抗干擾能力；紫晶文明在艦表面刻畫了星核共鳴紋路，能削弱暗質能量的侵蝕；星靈族人則在艦橋安裝了“暗質知儀”，可即時規避星雲的能量流。
改造完後，“啟明號”搭載著雲航、林夏、陳默，以及三名星靈族人，朝著暗質星雲進發。星靈族人過知儀，在星雲開闢出一條安全航道，沿途的暗質流與幻象被星核共鳴紋路一一化解。
航行半日，“啟明號”抵達暗質母艦殘骸所在區域。殘骸已被暗質能量腐蝕得面目全非，但艦中央的暗質核心仍在散發微弱的能量波。林夏控機械臂取出核心碎片，分析後臉凝重：“碎片裡檢測到‘虛無之’的基因序列，這說明暗質艦隊與虛無勢力有關，甚至可能是虛無之的‘衍生部隊’！”
雲航接過碎片，掌心徽章突然震，碎片中的虛無能量與徽章產生排斥反應，發出滋滋的聲響。“星靈族人，能知到星雲是否還有類似的暗質核心嗎？”他問道。
星靈族人閉上雙眼，片刻後睜開：“在星雲深，有一能量源與暗質核心同源，而且能量強度是它的百倍！那裡很可能是暗質艦隊的基地。”
“啟明號”朝著能量源方向前進，越靠近深，暗質能量越濃郁，艦的裝甲開始出現細微的腐蝕痕跡。林夏不得不降低航速，用態星核能量持續修復裝甲：“還有十分鐘抵達能量源區域，但我們的星核能量儲備只能支撐兩小時，必須速戰速決。”
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