北地五省赤地千里，蝗災席捲過後，田畝草木盡絕，數百萬災民流離失所，殍相於道。朝廷賑災糧船自江南源源北上，漕運海運晝夜不息，可深山僻野之地仍難一時遍及，商一帶壑縱橫，便了流寇伺機死灰復燃的巢。
李自蟄伏商山中，藉著天災肆、百姓無糧可食的局，西派人下山裹挾流民，收攏散匪潰勇，不過短短時日，部眾再度膨脹至數萬之眾。這數萬之眾雖大半是民弱卒，可青壯戰兵亦有近萬，聲勢復振，兇焰大熾，依山結寨，西劫掠殘存糧食資，阻斷山道，儼然要將整片商山區化作反明的腹地。
訊息由八百里加急傳至南京，武英殿一片凝重，朝野震。崇禎端坐座之上，神沉凝，目遙遙向陝西方向，語氣冷肅：“李自趁災聚眾，數萬賊寇盤踞商，若不盡快清剿，不出數月，必中原心腹大患。”
話音未落，陝西軍報己送至前，正是孫傳庭親筆所書的《剿寇三策》奏摺，字字沉穩，全無虛浮之語。崇禎緩緩展卷細讀，越看越是點頭，心中安定不。孫傳庭用兵向來穩狠，不求奇謀險勝，只以大勢碾，正是對付流竄不定、裹挾百姓的流寇最有效之法。
閱畢奏摺，崇禎不再遲疑，當即抬眼向殿中諸將，下達調兵之令。命曹文詔、曹變蛟叔侄統領五軍營銳兩萬五千人，即刻自京畿南下，轉道陝西，悉數歸孫傳庭統一節制；隨軍攜帶新式連發燧發槍三千支、火藥十五萬斤、鉛彈一百五十萬枚，另從寶銀莊存銀與海關關稅中撥發足額軍餉、糧草，一併運往商前線，不得有片刻延誤。
曹文詔勇名遍傳三邊，曹變蛟驍勇善戰，乃是當朝不可多得的悍將，二人統領的五軍營更是大明北方主力銳，常年征戰，戰力遠勝地方衛所。兩萬五千勁卒陝，再加上大批新式火、充足糧餉，等同於給孫傳庭送上最堅實的底氣。
孫傳庭在陝南接到聖旨與援軍，神大振。秦軍本就悍勇善戰，再加上曹家叔侄帶來的五軍營銳，兵力、火、士氣全面佔據上風，圍剿流寇己是勝券在握。他當即重新部署兵力，以西路合圍之法，將商山區層層鎖死，不留一隙。
為斷流寇基，孫傳庭陝之後第一樁事便是推行堅壁清野。他嚴令沿山百里之的百姓盡數由軍護送城堡，村落存糧全部收繳倉，帶不走的柴草、田間野菜、散落糧秣盡數焚燬，所有山泉、溪流、山間小徑一律設卡把守，凡私通流寇、送糧送水者，不問緣由，一律斬立決。有地方吏試圖徇私緩辦，孫傳庭二話不說，當場拿下兩名縣令，以養寇誤國之罪就地正法，一時間陝南全境雷厲風行，無人再敢違抗軍令。
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