就在北魏於北方參合陂畔擊潰後燕，展現出一統北方的崢嶸氣象時，被玩家們認為至能“偏安太平”的江南，其部的腐爛與矛盾，終於在抑多年後，以最劇烈的方式轟然發。東晉王朝那本就脆弱不堪的“王與馬，共天下”的平衡，被徹底打破。
導火索依然是那個永恆的主題——權力。孝武帝司馬曜在太元二十一年（公元396年）的一次酒後戲言，怒寵妃張貴人，竟被其指使宮用被子悶死，死得荒唐而又悽慘。太子司馬德宗即位，是為晉安帝。安帝智力低下，口不能言，寒暑飢飽不辨，朝政大權完全落其叔父。琅琊王司馬道子及其子司馬元顯手中。
司馬道子父子變本加厲地專權納賄，排斥異己，尤其對孝武帝生前為制衡他們而扶持的外藩——坐鎮京口。手握部分北府兵餘部的青兗二州刺史王恭，以及荊州刺史殷仲堪，猜忌日深。雙方的矛盾已到了劍拔弩張的地步。
隆安二年（公元398年），司馬元顯試圖削奪王恭兵權，並安親信到其防區。早就對建康朝廷極度不滿的王恭，抓住這個機會，以“清君側。誅元顯”為名，在京口起兵。他聯合了同樣對司馬道子不滿的殷仲堪（荊州），以及雍州刺史楊佺期。廣州刺史桓玄（桓溫子，此時佔據江州）等方鎮勢力，組聯軍，順江而下，直建康。
訊息傳來，建康震，江南玩家社群也一片譁然。
“打起來了！王恭真的反了！”
“清君側？這不就是藩鎮造反嘛！”
“北府兵打北府兵（餘部）？這下熱鬧了。”
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