朱由校充分利用他那前所未有的威以及救世主的份，在狀況稍有起之後，毫不猶豫地以雷霆萬鈞之勢推行了他心籌備已久的全面改革計劃。
在政治領域，巧妙地藉助清算白蓮教以及朝中那些與白蓮教暗通款曲之人的契機，對吏治進行了一次徹底的整頓。楊漣以其鐵面無私的態度，毫不留地將一大批庸和貪拉下馬，使得場風氣為之一新。
與此同時，正式下達旨意，確立“格學”與經學有同等重要的地位，並將其納科舉選的範疇。為了推廣這一學科，他下令在全國各地興辦格學堂，培養更多通格學的人才。
在軍事方面，對京營進行了改組，全面換裝了經過改良的火，以提升軍隊的戰鬥力。此外，他還設立了“講武堂”，專門用於培養新式軍，為軍隊注新的活力。
值得一提的是，在駱思恭的“廠”基礎上，整合各方資源，立了一個直屬皇帝的特殊機構——“欽天監·異聞司”。這個機構由徐啟兼任領導，其職責是專門研究、監控和應對一切超自然現象以及可能對國家造威脅的事。宋應星等格院的骨幹員也為了這個機構的中堅力量。
在經濟與農業方面，“經特衙”的權力得到了進一步的鞏固和加強。這使得他們能夠更有效地推番薯、玉米等新作的廣泛推廣。府不僅提供了優質的種子，還派遣專業的技人員進行指導，以確保這些新作能夠在各地順利種植。經過一段時間的努力，這些新作的推廣取得了顯著的效，糧食產量大幅增加，為國家的穩定和發展提供了堅實的基礎。
與此同時，政府還對鹽政和漕運進行了改革，以提高效率和降低本。此外，為了穩定價，政府還嘗試發行銀元，這一舉措在一定程度上緩解了通貨膨脹的力。
在對外政策方面，政府有限度地開放了海，允許與海外番商進行貿易。在廣州和泉州設立了“市舶司”，專門負責管理對外貿易事務。與弗朗機（葡萄牙）、紅夷（荷蘭）等海外番商的貿易往來逐漸增多，這不僅為國家帶來了富的海外資源和白銀，還有可能獲取到一些奇異之或知識。
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