都易主，大局初定，但百廢待興。耿武並未沉湎於勝利的歡宴，次日便開始雷厲風行地理益州善後事宜。
首要便是穩定人心，恢復秩序。他頒佈一系列安民告示：重申軍紀，嚴擾民；廢除劉璋後期一些不合理的苛捐雜稅，定下相對輕簡的賦稅額度；大赦境（十惡不赦除外），釋放部分輕罪囚徒；任命徐庶暫時總領益州政務，賈詡參贊軍機，張松、法正、李嚴、黃權等益州本土能吏分管民政、刑獄、軍需、教化等事務，迅速搭建起新的行政班子。
同時，對軍隊進行整編。原益州軍（不包括已降的東州兵）中，銳者選耿武麾下主力部隊，老弱酌裁汰或轉為屯田兵，維持地方治安。命張遼、馬超繼續鎮守都及周邊要地，龐德、馬騰等分兵巡弋各郡，彈可能的地方，尤其是南中（益州南部）地區，已遣能言善辯、悉夷的使者（如原益州員中合適者）前往宣，力求懷。
在整肅吏治方面，耿武採納徐庶、法正等人的建議，對原益州吏進行甄別。貪贓枉法、民憤極大者，嚴懲不貸；平庸無能者，酌罷黜或調任閒職；確有才幹且願效忠者，則留任甚至擢升，如張松、法正、李嚴等便是例子。同時，從北地帶來的部分基層吏和軍中識字者，也被充實到各級府，以加強控制和新政推行。
一連串舉措，有條不紊，恩威並施，迅速平息了因政權更迭帶來的盪，也讓益州士民逐漸接了這位新的統治者。街頭巷尾的恐慌漸漸消散，市井開始恢復往日的生氣。
然而，最讓耿武到震撼甚至驚喜的，並非人事的順遂，而是當他命人徹底清點接收都府庫、各地倉，並查閱益州財政圖籍之後。
“主公，初步清點已完。”徐庶面帶難以抑制的喜，將一份厚厚的清單呈給耿武，“都太倉、武庫、府諸庫，積儲之，遠超預料！僅都太倉一，現存糧秣，略估算，便不下三百萬斛！這還不算分散在各郡縣的倉，以及民間存糧。蜀錦、鹽鐵、銅錢、金銀珠玉，更是堆積如山。益州……真乃天府之國，富庶甲於天下！”
賈詡也捻鬚嘆道：“劉璋父子，雖無大略，然據守險塞，有大戰，又兼勸課農桑，數十年來，積儲竟厚實至此。尤其這糧草……怕是夠我大軍數年之用而有餘！”
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