仲景撰寫《傷寒論》的時候，參照了《湯經法》等等前經方典籍。《傷寒論原序》有“撰用”二字，不過，經揚紹伊先生、錢超塵先生和李茂茹先生等考證證實“撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《大論》、《胎臚藥錄》並《平脈辨證》”二十三個字為王叔和加。進一步證實了《傷寒論》主要容來自《湯經法》。
張仲景也在學說的背景下移植和整理了方證辨證診治方法。仲景將蠻荒年代野思維的結晶與當時最有力的思想武——學說結合在一起。同時，他清醒地意識到方證辨證，這種另類思維的珍貴。所以在整理過程中儘量儲存了《湯經法》中方證的原貌。
楊紹伊認為，《湯經法》原文在東漢巋然獨存，張仲景據此“論廣”，故原文一字無存在於《傷寒論》中。
由於這時候，東漢王朝盪不安，為了避，張仲景辭來到嶺南居，專心研究醫學，撰寫醫書。到建安十五年，終於寫了劃時代的臨床醫學名著《傷寒雜病論》，共十六卷。經後人整理為《傷寒論》和《金匱要略》兩本書。
《傷寒雜病論》系統地概括了“辨證施治”的理論，為華夏中醫病因學說和方劑學說的發展做出了重要貢獻。後來該書被奉為“方書之祖”，張仲景也被譽為“經方大師”。
張仲景寫該書後仍專心研究醫學，直到與世長辭。晉武帝司馬炎統一天下後的公元二百八十五年，張仲景的才被後人運回故鄉安葬，並在南修建了醫聖祠和仲景墓。
張仲景為人謙虛謹慎，提倡終堅持學習。他在序文中說：“孔子曰：生而知之者上，學則亞之，多聞博識，知之次也。餘宿尚方，請事斯語。”張仲景引用孔子語錄，在於說明自己不是天才，只能靠刻苦努力學習來獲得知識。他特別表明自己從青年時期就熱醫學，請允許他紮紮實實地按照孔子的話去做，因為醫學沒有止境，必須終堅持學習，活到老，學到老。
張仲景還為後人樹立了淳樸無華、勤懇踏實的學風。《傷寒雜病論》著述風格樸實簡練，毫無浮辭空論，對後世中醫著作影響甚大。他診病和學習時遇到一一毫的疑問，即“考校以求驗”，絕不放過，一定要弄清楚是怎麼回事。
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