據南齊陸澄《與王儉書》所載：“元嘉建學之始，玄、弼兩立。逮延之為祭酒，黜鄭置王，意在貴玄，事敗儒。”這說明南北朝時期，王弼的玄學，已經取代了鄭玄的經學了。玄學大上分為三派：以何晏、王弼、向秀、郭象等為代表的玄理派；以王衍為代表的清談派和嵇康、阮籍、“七賢”等名流的狂放派。玄學的思還開創了華夏文化史上的新時期，對宋明理學也產生了深遠的影響。魏晉玄學影響廣泛，泛浸及醫學，後者自然主義的養生觀，其重尊方的發展理路，和醫者意也的思維方式等等，都與玄學的影響有關，這也鑄就了從魏晉南北朝時期醫學的自覺自為的特徵。
門閥士族士大夫致力於《老子》、《莊子》、《周易》、《論語》、《列子》、《文子》等儒道經典的註釋、研究和談論，宣傳自然無為，崇尚達生任，於是在社會上掀起了一“玄風”，以談玄論道來逃避現實政治。自曹魏年間的“正始之音”開始，很多名士口出玄言，不務政事，晉元帝司馬睿甚至“餐服玄風”，到南北朝時有的皇帝還“盡玄言之趣”，置玄學館，玄學風行一時。
葉樹勳論文探討黃老道家“自然”觀念與帝道理念的興起。
元嘉十六年文帝以何尚之為丹尹，建宅於南城外，設定玄學館，招聚生徒。東海徐秀、廬江何曇、潁川苟子華、太原孫宗昌、魯郡孔惠宣等名流學者，都仰慕遠道來遊，稱為南學。魏晉玄學思想發展影響，玄學列為學校科目，在華夏古代教育史上首開其端。唐代又名崇玄學，京師及地方均設。學習容為《老子》、《莊子》，《文子》、《列子》等。玄學館．又稱為南學，學者聞風麗爭四館並置．為後代分科大學之始，對隋唐專科學校的發展有直接影響。
玄、史、文三館的設立，除《宋書·逸傳》所言是“上留心藝”使然以外，恐怕還有借設館來確立朝廷在士大夫文化中的領導地位的意味，將思想的生產納國家的制。尤其是玄學，它與史學、文學不同，是士大夫的思想靈魂，關乎治道。朝廷不要借“抑揚名教”來整肅士風，還要佔據思想界的權威地位，引導士風。《宋書·何尚之傳》：“立宅南郭外，置玄學，聚生徒。東海徐秀、廬江何爨、黃回、潁川苟子華、太原孫宗昌、王延秀、魯郡孔惠宣，並慕道來避，謂之南學。”可見玄學館的設立的確吸引了一些士人，形了重要的社會影響。據《南史·宋明帝紀》載，總明觀原設五科，因學無人，立四科。齊初仍沿用。其分科教學形式，影響後世專科教育的發展。
北周承西魏之後，其學制較北齊為略勝。太學之外，又有“門學”、“虎門學”及“通道觀”等。“門學”或稱“路門學”，立於武帝天和二年，與“虎門館”同為教授貴胄的學校。“通道觀”立於建德三年，與宋“四學”的“玄學館”相似，也是這時代與前代學制特異的史證。黃老道家文獻《恆先》的出土印證了四大真人思想在戰國至漢代的傳播脈絡。
南華真人，為先秦道家學派的莊周，字子休，宋國蒙人。與梁惠王、齊宣王同時，做過蒙地的漆園吏，蒙地在春秋和戰國前期屬宋，戰國後期屬梁。故劉向《別錄》稱其：“宋之蒙人也。”陸德明《經典釋文·序錄》稱：“梁國蒙縣人。”此後他一直居，生活貧困，但學識洲博，著《莊子》一書。司馬遷《史記·老莊申韓列傳》稱其書“十萬餘言，大抵率寓言也。作《漁父》、《盜蹠》、《胠篋》以詆孔子之徒，以明《老子》之。”其實莊子是老子思想的最好繼承者，在歷史上“老莊”並稱，共同建互了以“道”為核心的思想系。但莊子的思想與老子又有所不同，老子貴，主張戒盈防滿，在現實關係中求得自的長保。莊子則認為現實關係是對人的自然本的嚴重束縛，主張超現實關係而盡逍遙。莊子同樣將“道”視為生天生地的本，但他又認為並不代表“道”有質，不過是離質而獨立存在的神。他多次強調道是產生萬的本，但它是非質的，並舉例說“道通一氣”，但道並不是氣，氣是自道派生的。最後莊子將道集中“虛”上，他在《人間世》中說：“唯道集虛。虛者，心齋也。”即追求“道”的最高神境界，在務“虛”上下功夫，做到外天下、外、外生、朝徹、見獨，從而修道、得道。進而把老子的思想推向一個新的層次。
唐玄宗天寶元年追封莊子為南華真人，稱《莊子》為《南華真經》。宋徽宗追封為其為“微妙元通真君”。道教聖地樓觀臺供奉。
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