約櫃消失耶和華過耶利米發出警告，他會對待耶路撒冷像他對待一度得殊榮的示羅一般。因此他讓比倫人在公元前607年將耶路撒冷摧毀。甚至所羅門王所建及有約櫃設於其中的聖殿亦被夷為平地。約櫃本則消失蹤影。災難臨到示羅之後，非利士人容許以列人留在當地。但是在比倫人毀滅了耶路撒冷及其中的聖殿之後，他們將大部分劫後餘生的猶太人放逐到遙遠的比倫。剩下的數猶太人也最後發生恐慌而逃往埃及去。這使整個猶太地區淪為無人居住。
約櫃放在至聖所，指律法不是刻在石版上，乃是刻在心版上，行律法不是人看，乃是神看的。
約櫃裡面放有盛瑪納的金罐和亞倫發過芽的杖，並兩塊約版共三樣，盛嗎哪的金罐指貴重的金皿，嗎哪預是屬靈的真道，當時他們所吃的不知道是什麼，我們所吃，我們知道，嗎哪盛在金罐裡留到世世代代，預表我們所見證的道存到永永遠遠。
亞倫的杖指亞倫的子孫，發過芽的杖不是指眾子孫，乃指一個子孫即基督一夜發芽、開花、結果，即基督一夜復活。
兩塊約版指兩次立約，即新、舊約。約版上刻的誡命，指我們不但要有知識，並要有誡命刻在我們裡面，我們所領的誡命是監督自己，而不是強加在別人上，我們是傳福音，報告神悅納人的喜年，開瞎子的眼睛，不是傳律法捆綁人、迫人。
約櫃上面放有施恩座及二個基路伯在施恩座上兩頭翅膀相連。
施恩座在約櫃上面指神的救贖、憐憫、恩典在律法之上，施恩座是神向到他們之人施 恩之，二基路伯翅膀彼此相連，指新、舊約相連，或亞當與基督一個在這頭、一個在那頭，又相互連線。
不論約櫃裡面之或外面之都是在至聖所，至聖所是神所在之地。
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