民族學者劉堯漢從彝族的圖騰蹟，反推“十二歷”的來源，桂西彝和道彝的十二曆法將人與紀曆十二同列，“是原始人人不分的思想意識在現實的留”。彝族仍用十二曆紀日並用於集市之名（如虎街、兔街）。《史記·五帝本紀》記述黃帝“教熊羆貔貅軀虎，以與炎帝戰於阪泉之野”，文中所言是各部落圖騰，絕非真有降龍伏虎本領。十二生肖來源於原始社會的圖騰崇拜，令人信服的學說。
外來說：明代趙翼在《陔餘叢考》中，“蓋北俗初無所謂子醜寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之類分紀歲時，浸尋流傳於華夏，遂相沿不廢耳”，認定生肖的外來質。
郭沫若在《釋干支》中，認為生肖源於比倫的黃道十二宮，漢代西域諸國仿十二宮而造十二生肖。古希臘、古埃及、比倫等古國也有類似的十二生肖，僅不同，由此生肖也許並非起源於華夏。但秦簡的出土推翻此說，世界各國都有類似的崇拜，反加強圖騰說的合理。
生肖取數十二，暗合古人對自然現象的歸納認識。
華夏先民到寒暑替，植枯榮的週期，以之為“一歲”。月亮的盈虧週期也與“歲”相關——十二次月圓正好一歲。用木星作為年的週期，“歲星”繞行一圈剛好十二年。《周禮·春·馮相氏》雲：“掌十有二歲、十有二月、十有二辰”，除計年計月，十二也用做計量時辰。
十二也經常用於其他方面。《左傳·哀公七年》中載，“周之王也，制札上，不過十二。以為天之大數也。” 《國語·晉語四》記，“黃帝之子二十五宗，其得姓者十四人，為十二姓”。 《後漢書·苟爽傳》雲：“故天子娶十二婦，天之數也。諸侯以下各有等差。”
“十二天象”又是古代對天氣的統稱，即暗、、雨、雪、冰、霧、、霜、風、沙、雷、電；”十二經脈”是中醫對人經絡的認知；古代音樂有“十二律”；飲食有“十二食”；穿有“十二”……
生肖秉各異，古今學者一直對其選取和排列提出眾多觀點，但每種觀點又難以自圓其說。
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