見朱由檢拍板，眾人紛紛躬應和。旋即，朱由檢再度說道：
“如今外朝的員抓的抓，跑的跑，也沒剩下幾個了，加上如今人手張，咱們乾脆就趁著這個機會，將外朝合併一下，有些機構的職能再做一些調整。朕這裡有一些想法，大家一起來商討一下…哦，對了，記得把那些個員的家產都收上來，嗯，別忘了還有山東孔氏那狗大戶…”
隨後，朱由檢便與眾人商議起了外朝合併一事。
很快，在眾人商議，朱由檢拍板之下，外朝合併完，閣地位不變，吏部，戶部，兵部職能完善，並未有大的變更，只是出於專業對口方面的考慮，今後兵部人員將逐漸由軍隊人員升遷擔任。
帑迴歸本職，將稅務司，市舶司許可權移戶部，專職打理皇家產業。今後的軍費將採用兵部核算，戶部核准，帑發放，衛監督的形式，四部門相互制衡，責任到人，最大限度的杜絕貪汙軍餉的況發生。
工部今後主要負責規劃全國建設，興修水利，疏通河道，道路建設，等等…
刑部今後主要負責全國案件的複核，包括死刑。審判權移三法司獨立執行。
都察院與廉政公署合併，主要負責對員的彈劾與證據收集。各地逐漸建立三法司分部，將各地府衙的審判權剝離出來，形府抓捕，廉政公署起訴，三法司審判的格局。
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