本來，改土歸流中斷也就中斷了，將打下來的半數土司之地好好消化也行。但是福無雙至禍不單行，崇禎十一年，朱燮元病逝，年七十三歲。
朱燮元的突然離世，讓沒有被打下來地區的土司，抵抗朝廷的信心大增，同時，朝廷暫時控制的區域，也出現不穩的跡象。
崇禎十二年，滇軍旗下武定李大贄貪墨殘酷，激起元謀的彝族土司起兵反抗，武定土司吾必奎發叛，各地土司雲集響應，西南再起。
崇禎十三年，因年的黔國公沐天波鎮雲貴土司不利，致使朱燮元時期的努力果付諸東流。經閣和軍部決議，急啟用極。擢升極為四川巡，兼督貴州、雲南、廣西諸軍務，賜尚方劍。
極隨即攜純胤，純徹，純徹雲貴，先是持尚方寶劍以雷霆手段斬了李大贄。
隨後聯合親朝廷的土司，配合滇軍平定元謀。同時盡起主力，擊潰吾必奎，一路將吾必奎趕進了緬甸之後，方才回師。
至此，極以兩地為據地，與各土司約法三章，止兵息戈，同時大力推行教化，發展生產，疏通貿易，對已控制地區施行改土歸流。
到崇禎十八年，極在沒有朝廷支援的況下，勉強實現了滇軍的自給自足。此時，沐天波也終於年，全面接管滇軍和黔國公府的事務，西南局勢趨於好轉。
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