對於衛所制，朱由校心中並無討厭。他知道，對於守不足、憂外患的大明而言，舊有的衛所系確如一個沉重的毒瘤，積弊叢生，軍戶逃亡、屯田廢弛，幾乎了一即的患。
然而他並非什麼守之君——他可是想當‘球長’的男人。在他眼中，稍加改造的衛所制，完全可以為大明開疆拓土、經營海外的一柄利刃。
要知道，衛所制本為“兵農合一”之制，軍士平時屯田自養，戰時出征守。按制每軍授田五十畝，耕戰一，糧秣自給，無須仰賴長途轉運，極大減輕後勤力。
更關鍵的是，衛所不僅為軍事單位，更兼轄行政、司法之權——衛指揮使統管一方軍民政務，千戶、百戶分理轄區，既可戍防，又能治民，實為軍政合一之基。
朱由校回想起國初之時，衛所制曾為大明穩固邊疆、開拓雲南、經營遼東發揮過重要作用。它有效解決了長期戍邊帶來的糧餉問題，使軍隊在駐防地紮經營，實現了“以兵養兵”“以邊治邊”的初期戰略目標。
然其弊亦顯而易見：日久則權過重、兵農雜，軍紀漸弛；將世襲，易割據；軍屯侵吞，士卒貧苦，戰力日衰——這一切都使衛所從基之上逐漸腐化。
但朱由校所思，乃是以新策革舊弊。他意圖在海外拓之中重啟此制，並加以嚴格約束和最佳化——削弱指揮使之權，設員監軍治民、分權制衡；劃定屯戍範圍，以艦船與火為後盾，使衛所為大明遠播威儀的基石。
在他構想中，未來的衛所將不再是斂防守的孤點，而是開拓的前哨、文明的支點：駐軍鎮守、組織生產、推行教化，甚至以戰養戰，以海外之裕反哺天朝軍力。
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