天啟皇帝朱由校沉溺於木工房的斧鑿聲中，將帝國的權柄視若無。這片巨大的權力真空，迅速被司禮監秉筆太監兼提督東廠魏忠賢及其對食夥伴、奉聖夫人客氏所填充。天啟初年東林黨人短暫主導的“眾正盈朝”局面，如同曇花一現，迅速被魏忠賢一手打造的、籠罩整個帝國的閹黨恐怖雲所取代。
魏忠賢的崛起，本就是一個權力異化的典型。他本是無賴出，目不識丁，卻憑藉其狡黠狠和與客氏的特殊關係，在天啟皇帝登基後迅速攫取了廷最高權力。他深知自己權力的唯一來源是皇帝的信任，而皇帝唯一的興趣在於木工。於是，他極盡諂之能事，投皇帝所好，並總是選擇在皇帝引繩削墨、興致最濃之時，捧著急公文前去請示。被擾了興致的皇帝不勝其煩，往往看也不看，便揮手讓他自行理。就這樣，代表皇權的“批紅”之權，實質上落了魏忠賢之手。
掌握了批紅權，就意味著掌握了帝國政務的最終決定權。魏忠賢利用這一權力，開始系統地清除異己，首要目標便是那些不斷上書彈劾他、試圖維護朝綱的東林黨人。他與那些在萬曆以來黨爭中敗下陣來、或急於尋求新靠山的非東林員，如崔呈秀、田爾耕、許顯純、顧秉謙、魏廣微等人，結了牢固的“閹黨”聯盟。
為了徹底剷除東林勢力，魏忠賢用了最殘酷的工——廠衛制度。他親掌東廠，又讓其親信田爾耕、許顯純分別掌控錦衛和北鎮司，將特務機關變了他私人的刑訊供和屠殺機。他們羅織罪名，構陷忠良，製造了一系列駭人聽聞的冤獄。
天啟四年，閹黨借“汪文言案”開端，開始大規模迫害東林黨人。汪文言雖非東林核心，但遊廣泛，與東林關係切。他被捕後，在嚴刑拷打下，閹黨試圖他誣陷楊漣、左斗等人接遼東經略熊廷弼的賄賂。汪文言備酷刑，始終不屈，臨死前仰天大呼：“世豈有貪贓楊大洪（楊漣）哉！” 然而，他的氣節並未能阻止閹黨的謀。
天啟五年，魏忠賢羅織罪名，將楊漣、左斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章等六人逮詔獄，是為“前六君子”。在許顯純主持的北鎮司獄中，他們遭了非人的酷刑。“全刑”加——械、鐐、、拶、夾流伺候，舊傷未愈，新傷復加。楊漣被土囊，鐵釘貫耳；左斗面額焦爛，膝下筋骨盡。他們皆在極度痛苦中慘死獄中，楊漣死時，上還著沉重的土袋，耳朵裡釘著鐵釘，狀極慘烈。
接著，天啟六年，魏忠賢再興大獄，將周起元、周順昌、高攀龍、周宗建、繆昌期、李應升、黃尊素等七人（高攀龍在逮捕前投水自盡，實為六人死於獄中）逮捕殺害，是為“後七君子”。高攀龍留下“辱臣以辱國，臣不敢也”的言，從容赴死。周順昌在獄中痛罵魏忠賢，被許顯純用銅錘擊落滿口牙齒，仍罵不絕口，最終被秘死。
這兩次大獄，僅僅是魏忠賢恐怖統治的影。在此期間，被罷黜、囚、殺害的東林黨人及其同者不計其數。朝廷為之一空，士林噤若寒蟬。魏忠賢還下令“拆毀天下書院”，止講學，試圖從思想和輿論上徹底扼殺東林黨。
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