厄特加爾城一役後，與萊納·布朗變的鎧之巨人戰鬥，即將勝利之時被貝特霍爾德·胡佛變的超大型巨人砸中而昏厥，與尤彌爾一起被兩人帶走。尤彌爾在萊納的鼓下，加了回鄉三人組的行列，並且帶走了赫里斯塔·蘭斯。後被隨後趕來的調查兵團從萊納手中救下，但與三笠同時陷危機。
因漢尼斯被當年吃掉媽媽的那個巨人吃掉，艾倫幾近神崩潰陷絕，同樣求生無的三笠對艾倫悽告白，謝艾倫為其所做的一切，並出幸福的笑容，深的艾倫回憶起媽媽的話，重新振作決意保護三笠，並立下紅巾之約。最終艾倫為保護三笠而發出強大的意志力，接著，他獲得“座標”之力（疑似能用意念控制其他無垢巨人的能力）。
到支配的無垢巨人們對曾吃掉其母親的巨人群起而攻將其啃蝕殆盡。之後因為對鎧之巨人表敵意，而使大批無垢巨人轉而攻擊鎧之巨人與超大型巨人，在擺了巨人們的糾纏之後，艾倫背起傷的三笠與調查團同伴們一起逃離險地。實際上，艾倫之所以能夠發“座標”之力，是因為他是始祖巨人的宿主，而吃掉艾倫母親和漢尼斯的巨人戴娜·弗裡茨擁有弗裡茨王室統。當非王室統的始祖巨人宿主和擁有王室統的巨人接時，便會發“座標”之力。
艾倫與倖存的調查兵團同伴們一起撤回羅塞之牆，原本出救援艾倫的聯軍（調查團主力與憲兵團主力）人數有一百人左右，撤回牆壁時有六士兵陣亡，艾倫深疚。讓·基爾希斯坦在艾倫迷茫時用“艾倫式說教”幫助艾倫重新確立目標：用自已“座標”的能力驅使巨人堵上瑪利亞之牆以及手刃萊納等人。一週之後，傷愈的利威爾在聽完韓吉·佐耶與康尼·斯普林格關於巨人的報後，與正在養傷的艾爾文·史斯商議確定組建新利威爾班。艾倫與三笠、阿明等訓練兵團104期出的同伴們一起加了新利威爾班。
對戰萊納第一次帕拉迪島艾倫和調查兵團暫時藏在山中的木屋裡，在韓吉和利威爾的安排下進行探究巨人化特質的研究和實驗。掌握了有關艾倫巨人化次數極限，變後知能程度等等報，同時失地得知艾倫尚且對如何質化毫無頭緒，使得阿爾敏設想的“利用質化的殘留巨人之軀封堵城門”的計劃無法實施。另一邊，同期生的克麗塔·連茲向眾人坦白了份：原來真名為希斯特莉亞·雷伊斯，是偽裝普通貴族的牆真實王族——雷伊斯家的私生。
此時韓吉和利維接到中央的埃爾文通報，中央有人要強取艾倫和希斯特莉亞。縱然韓吉等人想盡辦法掩護，艾，希二人還是落了中央憲兵之手。在雷伊斯家莊園的秘地下窟中，艾倫被鎖鏈綁在高臺上，而希斯特莉亞則和生父羅德·雷伊斯重逢。過和雷伊斯父的接，艾倫潛藏的部分記憶被喚醒：原來艾倫的父親格里沙是巨人之力的持有者。在瑪利亞之牆陷落的當晚，格里沙來到雷伊斯家的地窖，將羅德的長弗麗達·雷伊斯變的巨人打敗併吞食了本，由此奪得了雷伊斯家傳的，能支配一切巨人的“始祖巨人”之力，並將羅德的在場的其他孩子也全部殺死。
之後格里沙找到了難民營中的艾倫，將艾倫帶到樹林中，將藏著秘的地下室的鑰匙留給艾倫後給艾倫注了巨人化的針劑，自已則被巨人化的艾倫吞食，得以將自已負的二種巨人之力和記憶寄宿到艾倫上。之後艾倫被訓練兵團的教長基斯·夏迪斯抱回難民營。得知了真相的艾倫神崩潰，認為自已和父親才是一切災難的源，哭喊著要求希斯特莉亞吃掉自已取回始祖巨人之力，憑藉王族之發始祖之力，支配巨人，終結戰爭。
希斯特莉亞意識到百多年來雷伊斯家族雖能支配巨人卻對拯救人類毫無作為，拒絕了父親要其吞食艾倫巨人之力的要求，打碎了針劑並試圖將艾倫解放。此時調查軍團趕來救援二人。窮途末路的羅德舐灑在地上的巨人化針劑，變了殘缺不全，只能爬行的超大型巨人，同時也撐壞了地窖使之趨於崩潰。
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