如果用普通圖論表示,就會丟失掉a與b必須“同時”存在才能反應這一關鍵的協同資訊。
“普通的‘圖’表達不了這種複雜……”徐辰了發脹的太,白板上已經被他得黑乎乎一片。
他嘗試了二分圖,嘗試了petri網,但總覺得差點意思。
直到他引了“有向超圖”的概念。在超圖理論中,一條邊可以連線任意數量的節點,完契合了生化反應中多底、多產的特。
筆鋒遊走,他將代謝網路重構為一系列“超邊”的集合。每一個反應,不再是兩個點之間的連線數,而是一個包含多個頂點的集合。
接著,為了解決“調控”的問題,他又引了“符號圖”理論。
“代謝流是理的,但調控流是資訊的。正反饋是油門,負反饋是剎車。如果模型裡沒有正負號,那就等於開車不看紅綠燈。”
隨著最後一筆落下,原本死板的網路圖,終於在數學層面備了生學的“保真度”。
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