只不過，和黑表面那艘在亞空間走了一趟，活過來的飛船相比。深海圓疑發生的地點是在地球的南太平洋的深海中。
劇也很簡單，
大概就是一艘在海底佈設纖纜線的船隻，莫名巧妙的纜線被割斷了，
附近的米國軍隊對此有些興趣，於是派遣探測船前來尋找原因，結果這不探測還好，真一到現場，竟然發現海底沉沒著一艘飛船！
於是，
米國海軍立即派遣艦隊前來，並據前政府“探索外星人”檔案（實際上是諾曼為了高額稿費，編出來的檔案），拉來了一支研究的隊伍。
這支由菜鳥、關係戶、自盡傾向者、有心理影的心理學家組的逆天研究隊伍，就這樣進了深海，開始了對那艘深海飛船探索的工作。
在探索過程中，
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