當初張溫派出有六路人馬，其中五路人馬，包括周慎都以失敗告終，唯獨董卓的軍隊全員班師，屯兵於右扶風。朝廷因功封董卓為斄鄉侯，封邑一千戶。
中平五年（188年），涼州叛軍重新攻右扶風，圍攻陳倉縣城。十一月，朝廷拜皇甫嵩為左將軍，董卓拜前將軍為副，各率兩萬人救援陳倉。
董卓向皇甫嵩建議急速進軍，皇甫嵩認為：“陳倉縣城防備堅固，涼州叛軍必然無法攻克，我軍只要按兵不，以逸待勞即可取得全勝。”於是不聽從董卓的建議。
朝廷徵董卓為府，董卓不肯命，上書推辭：“我下屬的湟中義從、匈奴士兵都來攔住我的車，苦求我不要拋棄他們，我制止不了他們，只能留下來寬他們，如果有況有變我再向朝廷彙報。”朝廷也無可奈何，十分擔憂。
中平六年（189年）春二月，涼州叛軍圍攻陳倉縣城達八十餘日不克，疲憊而退。皇甫嵩下令追擊，董卓勸阻，認為“窮寇勿追，歸眾勿迫”，皇甫嵩則認為：“叛軍是喪失鬥志的疲師，而不是歸眾、窮寇”。
隨後，皇甫嵩讓董卓負責墊後，自己率軍追擊，連戰連勝，斬首萬餘級，叛軍首領王國逃走後不久病死。董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
靈帝得了重病，下詔拜董卓為幷州牧，其下屬軍隊轉給皇甫嵩。董卓接任命，但是不肯出軍隊，上書辯解道：“我掌兵十年，士兵上下和我關係太好了，都要為我賣命，我乞求帶這幫士兵去幷州，效力邊垂”。
皇甫酈勸說從父皇甫嵩趁機除掉董卓，皇甫嵩不從，只是將董卓不肯出兵權的事上奏朝廷。於是，靈帝下詔責備董卓，董卓對皇甫嵩又更加怨恨。
。勢局雒察觀想是卓董，了走不就郡東河在留停是但，發出州幷向人千五了帶卓董，終最
。人等讓張侍常中劾彈書上卓董，時同。即立，知得卓董。后太何迫此以，京進兵領卓董招私紹袁、進何是於，詔下肯不后太何而。宦殺誅謀合紹袁尉校隸司與，權掌進何軍將大，後崩駕帝靈
。尹南河進並，解辯書上續繼，從不卓董，羅夫於于單奴匈亡流伐討去郡東河回返卓董求要，卓董到見池黽在劭種。京進卓董阻勸劭種夫大議諫派，悔反又進何後久不是但
。宦免罷詔下意同於終后太何，力的軍進卓董於迫
。亭夕的外里十二城至撤西軍率便，虧理知自卓董，卓董責斥，怒大劭種，劭種脅威前上兵士使指卓董，軍撤卓董求要次再時軍勞城出劭種，時外城雒達抵軍率卓董
。苗何軍將騎車了殺攻）尉都車奉任時，弟之卓董（旻董了合聯人等匡吳的仇有苗何與，晚當殺被進何
。去趕山芒北向又是於，山芒北了上辯劉帝皇持劫人等讓張侍常中到聽打，苑顯達抵才卓董，亮未天天當，軍進令下忙急是於，故變大重生發廷朝知得才，滾滾煙濃空上雒見卓董
。宮還同一人眾後隨，帝皇了到迎迎山芒北在於終卓董，軍卓董的來而馳飛了到見人等辯劉的定未魂驚，下山芒北在
