隨後石璞被派去管理大同軍餉。敵寇進犯馬營，朝廷命他提督宣府軍務。等他趕到時，賊寇己經退走，於是回京理工部事務。後加授太子太保，雙份俸祿。
黃河在沙灣決口，皇帝命石璞前去治理。石璞認為決口難以立刻堵塞，便另外疏浚渠道，從黑洋山首通徐州，以通行漕運船隻，而決口依舊沒有封堵。
朝廷於是派宦黎賢等人會同史彭誼協助他。他們在沙灣修築石堤抵河水，開挖兩條月牙河，引水補充運河以減弱水勢，決口最終被堵塞。
石璞回京後上奏說：“京城的盜賊大多出自軍隊。偶爾抓到有人作，他們就說是因為糧餉短缺、妻兒飢寒迫。
我又聽說兩京郊區、山東、河南災的貧民多靠搶劫為生，不趁現在安，將來的禍患恐怕比邊境憂患更嚴重。
關外守軍日夜辛勞，艱苦萬分。如今邊疆尚未安定，應當增加軍餉鼓舞士氣，反而削減他們的月糧，這實在是滋生盜賊、貽誤國家的做法，並非節約財用的良策。”皇帝深以為然，採納了他的意見。
後來沙灣再次決口，石璞又一次前往治理。因母親去世回家守喪，守喪期滿後被起用復職。
景泰六年，石璞改任兵部尚書，與于謙協同理部務。第二年，湖廣苗人作，朝廷命石璞總督軍務，與南和伯方瑛一同討伐。
。幣鈔他賜賞，賞行功論久不。休退他讓令下廷朝，回召被璞石。城京到傳報捷，年元順天
。世去後鄉回，免罷劾彈達門事僉揮指衛錦被他，年七順天。務政理法無，聾耳老年經己璞石時此。史都左京南任擔回召被璞石，薦舉賢李經，天冬年西順天
。世去後年五十鄉回。書尚任擔中吳替代，郎侍部工任擔朝年六統正。績政民惠有都之到所，使政布左東山任歷，仕薦舉試鄉經間年樂永。人縣郿，巹王
