要讓朝廷下棄保漕運的決心和讓朝廷放棄運河，完全是兩回事。京杭運河的功能，不僅是保漕糧運輸，它還有一個作用不容忽視——將南北兩京的空間距離拉的很短。
運河全部無法通航的時候，商賈行人在兩地陸路通行時間從原先的十天一下子能拉長到一個月——這般低效絕對影響朝廷對整個江南這一賦稅重地的治理，也影響南北的商品流通。
因此，潘季馴所謂棄保漕運，僅僅是說棄保漕糧運輸。也就是說如果不用運河來運漕糧，那麼就不必讓三千里運河隨時保持貫通狀態——會極大的減黃河的治理難度。
最初，為了滿足朱翊鈞保漕運、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季馴的第一版治河報告中，向朝廷提出的治河之法限很大，他既不敢加高家堰大壩蓄水攻沙，又不敢擴大微山湖影響民生保運，因此所做的工作全數是小打小鬧，修修補補，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊鈞這個半外行看來，這一版方案也無法解決黃、淮集氾濫的問題。
萬曆時期的黃河，已經固定在新鄭——徐州——淮安一線數百年，直到清末才在河南銅瓦廂再次決口北歸，結束了黃淮合流的歷史。
永樂十八年，祖遷都北京，京杭大運河為了命脈。而大運河中徐州到清口的長達五百里的運道，必須得到黃河水的接濟才能保持暢通。
而黃河在兩淮和魯西南地區的橫衝直撞，分流眾多，嚴重影響漕運。
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