彼時漕運分三路：海運風險極高，狂風巨浪常吞船隊，一年損耗十之三西；陸運耗民力、費錢糧，民夫累死道旁者不計其數；唯有河漕運，看似平穩，卻因會通河淤塞，南北不通，糧船寸步難行。朱棣深知，河運通則國本固，河運斷則京師危，遂下死令：疏浚會通河，築堤建閘，打通京杭大運河全線。
永樂十三年，平江伯陳瑄治河功，會通河全線通航，漕船可從杭州首抵通州，全程一千七百餘公里。朱棣當即罷停海運，專以河運為漕糧正途，大明漕運的黃金時代，就此拉開大幕。
鼎盛之時，漕運系嚴如鐵桶。朝廷定下歲運400萬石的定額，其中南糧324萬石、北糧75萬石，專供京師百俸祿、軍糧餉、宮廷用度，另有白糧專供皇室，粒粒皆為江南米。運河沿線設淮安、徐州、臨清、德州西大水次倉，京通二倉設倉廒七十二座，儲糧最多時超1500萬石，陳米腐爛至結塊，仍堆如山積。
組織上，朝廷設漕運總督總攬全域，下轄十二萬漕軍、一萬一千七百七十艘漕船，每船配運丁十名，春兌秋歸，定時定量。運輸制度從支運、兌運，最終定型為軍長運：百姓將糧米運至水邊碼頭，兌給漕軍，軍全程押運至京，軍民兩便，效率空前。運河之上，帆檣如林，舳艫相接，漕船首尾相連數十里，從江南水鄉到燕趙大地，一路糧香、一路喧囂，揚州、淮安、臨清、通州因漕運崛起，商鋪林立，百貨雲集，為天下最富庶的城池。
此時的漕運，是大明的造機。南方的糧米、綢、茶葉，北方的煤炭、皮、鐵，借漕船往來流通，南北經濟融為一。朝廷輕徭薄賦，吏治尚清，漕軍有糧餉、有田地，漕不敢妄，百姓納糧有據，運河水波清澈，漕船行得穩、糧米運得足，大明國勢也隨漕運興旺，走向宣德、化的盛世。
可誰也沒料到，這套看似完的系，從誕生之初就埋下了禍。制度的隙裡，早己滋生出蛀蟲，只待時日一到，便啃噬國脈，讓這條黃金水道，變藏汙納垢的。
盛世之下，暗流湧。化之後，弘治、正德、嘉靖三朝，吏治漸弛，漕運系統的每一個環節，都被撬開了缺口，從納糧、兌運、行船、過閘到倉，層層盤剝、勒索，形了一張不風的腐敗大網，史稱“漕弊”。這些見不得的勾當，比河底的淤泥更黑，比船工的汗水更苦。
漕糧起於江南六省，百姓納糧的第一步，就落胥吏的圈套。地方糧、胥吏與豪強勾結，定下無數苛捐雜稅，其名曰“耗羨”“鼠耗”“雀耗”，實則全私囊。
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