劉劭雖聽嚴道育如此說，心中仍是不安。他命徐湛之暗中監視文帝邊近臣，一旦有風吹草，立刻來報。
元嘉二十八年夏，文帝病又加重了幾分。文帝不能臨朝，只得將政事委託給劉義恭和太子劉劭共同理。劉義恭雖是宗室重臣，卻素來謙退，凡事皆讓著太子。劉劭藉此機會，將許多重要職位換上自己的親信。朝中諸臣，有那見風使舵者，紛紛投靠東宮；也有那剛直不阿者，心中不滿，卻不敢明言。
一日，何尚之字彥德，廬江灊人，歷任尚書。侍中，為人剛正，時任侍中。何尚之見太子專權，心中憂慮，奏文帝：“陛下，太子年，不宜獨攬大權。江夏王劉義恭乃宗室之長，老持重，可委以重任。”文帝覽奏，心中不悅，以為何尚之離間父子，便將其奏章留中不發。何尚之知文帝不納，嘆息而已。
劉劭聞知何尚之奏，大怒，對徐湛之道：“何尚之老匹夫，竟敢在父皇面前進讒！他日朕即位，定不饒他。”徐湛之道：“殿下息怒。何尚之乃先帝舊臣，威甚高。若貿然加罪，恐失人心。不如暫且忍，待其自破綻。”劉劭道：“也罷，且容他多活幾日。”
元嘉二十八年秋，文帝病稍有好轉，能下床行走。他想起多日未與太子共膳，便命人召太子宮。劉劭宮，父子二人對坐。文帝看著劉劭，只見太子面如冠玉，儀表堂堂，心中既欣又憂慮。文帝道：“太子，朕病中，你代朕理政，辛苦了。”劉劭道：“此乃兒臣分之事，父皇不必言謝。”文帝道：“朕聽說，你近來常與方士往來，可有此事？”劉劭心中一驚，面不改道：“兒臣確曾召幾個方士宮，為父皇祈福禳災。兒臣一片孝心，求父皇明察。”文帝道：“朕知你孝順。但方士之言，多不可信。你為太子，當以經史為重，不可沉迷妖妄之。”劉劭道：“兒臣謹記父皇教誨。”
文帝又道：“朕還有一事問你。朝中有人傳言，你在東宮設壇做法，可有此事？”劉劭心中大駭，強作鎮定道：“父皇，此乃小人誣陷。兒臣豈敢行此大逆不道之事？”文帝盯著劉劭看了半晌，緩緩道：“朕也不信。你且去吧。”劉劭叩首告退。出宮之後，劉劭渾冷汗，對徐湛之道：“父皇已起疑心，此事不可再拖。”徐湛之道：“殿下，此時不可妄。陛下雖疑，尚無實據。若倉促行事，反為不。”劉劭道：“那依你之見？”徐湛之道：“殿下可暫且收手，將巫蠱之取出銷燬。待風聲過去，再作計較。”劉劭從之，命嚴道育連夜將含章殿前花圃中的木偶挖出，毀為灰燼。
然而，劉劭不知，有一名宮，曾在夜間偶然看到嚴道育在花圃中挖掘。宮不敢聲張，卻將此事記在心中。這名宮，日後了巫蠱案發的關鍵人。
元嘉二十八年冬，文帝病再度惡化。太醫令束手無策，只能開些溫補之藥，維持而已。文帝自知不起，便召劉義恭。何尚之等大臣宮，商議後事。文帝道：“朕病已深，恐不久於人世。太子年輕，諸卿善輔之。”劉義恭等泣道：“陛下寬心，臣等必竭盡全力。”文帝又道：“太子雖聰明，然急躁。諸卿當多規勸，不可使其誤歧途。”眾人領命。
。頭點連連，凜一中心劭劉”。人之妄妖近親再可不，去宮出逐們他將須你，後死朕。散遣全未你知朕，士方些那中宮你，事一有還“：道又帝文”。託所皇父負不必臣兒，心放皇父“：道泣劭劉”。帝皇好是便，守能若你。對應慎謹需皆，越百有南，魏強有北。兵刀妄可不，言讒信聽可不。念為姓百以，重為稷社以當，者君為，住記要你。子天宋大是便你，後死朕“：道，手之劭劉執帝文。劭劉子太見召獨單又帝文
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：是正
。氛妖起忌互臣君，鬼暗生疑相子父
。聞漸日風腥雨，矣終將世盛嘉元
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