崇禎十七年五月二十八日，北京皇宮文華殿，氣氛比往日更為凝重。王巢端坐於攝政席位上，案前堆放著厚厚的卷宗，每一本卷宗都記錄著明朝舊臣的任職履歷與財產明細。他手指輕叩卷宗，目掃過殿的文武百，沉聲道：“大明亡於流寇，更亡於吏治腐敗。若員皆以權謀私、欺百姓，縱使有百萬大軍，也難擋亡國之禍。今日起，北京城全面整頓吏治，凡貪腐者、無能者，一律嚴懲不貸！”
話音落下，殿雀無聲。左側列陣的明朝舊臣們無不面張——他們中不人在崇禎朝便有貪墨之舉，如今王巢要整頓吏治，生怕自己被揪出把柄。曾任順天府尹的劉良佐，手心更是冒出冷汗，他想起自己三年前曾收商戶白銀五千兩，包庇其稅稅的罪行，此刻正暗自祈禱不要被翻出舊賬。
王巢早已看穿眾臣的心思，當即下令：“傳我命令，立‘吏治清查司’，由曾任史的錢龍錫擔任司長，調二十名清廉正直的員與五百名護衛隊士兵，負責清查北京城所有在職員的貪腐況。清查範圍包括：員家產與俸祿是否匹配、是否存在欺百姓、是否有收賄賂等行為，凡查實有貪腐者，一律革職查辦，沒收全部財產；節嚴重者，以流放或死刑！”
錢龍錫當即出列領命：“臣定當盡心竭力，清查貪腐，絕不姑息！”
次日清晨，吏治清查司的員便帶著護衛隊士兵，分頭前往各衙門調取員的任職記錄與賬目。在順天府衙，員們翻開庫房賬目時，發現許多收支記錄模糊不清，尤其是去年的糧稅徵收賬目，竟有三萬石糧食去向不明。“劉大人，這三萬石糧食為何沒有庫記錄？”清查司員拿著賬目，質問順天府尹劉良佐。
劉良佐臉發白，強裝鎮定：“去年遭遇蝗災，部分糧食在運輸途中損，故未庫。”
“損的糧食可有府出的損耗證明？為何賬目上沒有任何標註？”清查司員追問。劉良佐支支吾吾，無法回答。員當即下令搜查劉良佐的府邸，結果在其書房的暗格裡，搜出白銀八萬兩、綢緞兩百匹，還有十多份百姓的地契——這些地契，都是劉良佐以低價強買百姓的耕地所得。
鐵證如山，劉良佐再也無法抵賴，只能跪地求饒。清查司員當即下令將其逮捕，並張告示，公佈其貪腐罪行。百姓們得知劉良佐被抓，紛紛拍手稱快，有的還提著爛菜葉、蛋，來到衙門前咒罵這個欺百姓的貪。
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