【但金兵的追擊並未停歇，京口依舊不安全，趙構不敢停留，又馬不停蹄南逃至建康（今江蘇南京），剛站穩腳跟，便聽聞金兵攻克天長、近建康，再度倉皇出逃，經鎮江、常州、平江（今江蘇蘇州），一路逃至杭州。
驚魂未定的他，本想在杭州稍作息，卻不曾想，部的叛已悄然醞釀——這便是南宋史上著名的“苗劉兵變”。
護送趙構逃亡的營統制苗傅、威州刺史劉正彥，早已對趙構的怯懦逃亡、宦康履的專權跋扈、都統制王淵的剋扣軍餉忍無可忍：康履依仗趙構寵信，作威作福，竟在逃亡途中還大肆搜刮民脂民膏，擺宴作樂；王淵則嫉賢妒能，排主戰將領，甚至為了自保，將數萬宋軍棄於江北，致使全軍覆沒。
建炎三年（1129年）三月，苗傅、劉正彥率領麾下士兵，以“清君側、誅佞”為名，攻杭州城，先斬殺了棄軍保命的王淵，隨後搜捕宦康履等數十人，悉數斬首示眾。
接著，他們帶兵包圍皇宮，陳兵於宮門之外，迫趙構退位。彼時的趙構，邊無兵無將，已甕中之鱉，只得屈從。
苗劉二人遂擁立趙構年僅三歲的兒子趙旉為帝，尊趙構為“睿聖仁孝皇帝”（實則太上皇），將他在杭州顯忠寺，由隆佑太后孟氏垂簾聽政——這位歷經北宋靖康之恥、見證南宋建立的太后，了此時南宋朝堂的唯一支柱。
兵變發生後，遠在外地的呂頤浩、張浚、韓世忠、劉世等主戰大臣迅速起兵勤王，韓世忠率領八千水師從平江出發，直奔杭州，沿途百姓爭相送糧，義軍紛紛加，勤王軍聲勢日漸浩大。
苗劉二人本無長遠謀劃，只是一時激憤起兵，見勤王軍近，頓時慌了手腳，不僅不敢加害趙構，反而百般討好，試圖求和。
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